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[AutoDock&Vina] 在autodock中怎么完成水分子选择性保留

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发表于 2014-11-11 16:43:45 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在autodock中怎么完成水分子部分保留,比如蛋白1FIQ中,The A- and B-chains of the protein and all small molecules were removed except for the two structural waters, Wat176 and Wat196, at the active site.
发表于 2014-11-12 12:07:31 | 显示全部楼层
Autodock目前还没有考虑水分子对接的功能,如果你要做考虑水分子的对接,可以推荐你使用分子对接软件FlexX,是德国药物设计BiosolveIT公司LeadIT药物设计软件中的一个分子对接模块。可以从www.biosolveIT.de 去申请7-30天的免费试用,他们比较nice,不要求一定要学术邮箱,一般的邮箱就行。
关于FlexX分子对接软件,可以从Bioms旗下的分迪科技有限公司,这里去了解:www.moldesigner.com
flexx1.jpg

发表于 2014-11-13 09:10:07 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-11-12 12:07
Autodock目前还没有考虑水分子对接的功能,如果你要做考虑水分子的对接,可以推荐你使用分子对接软件FlexX ...

唉,三十天算不完咋弄
发表于 2014-11-13 09:13:09 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-11-12 12:07
Autodock目前还没有考虑水分子对接的功能,如果你要做考虑水分子的对接,可以推荐你使用分子对接软件FlexX ...

还有就是,如果把水分子圈到grid box中去也不能把水的作用计算进去吗?
发表于 2014-11-13 09:44:40 | 显示全部楼层
浪模拟 发表于 2014-11-13 09:13
还有就是,如果把水分子圈到grid box中去也不能把水的作用计算进去吗?

Autodock目前的打分函数还不支持考虑水分子。
发表于 2014-11-13 10:13:14 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-11-13 09:44
Autodock目前的打分函数还不支持考虑水分子。

不是单独的考虑水分子,但是在计算每个原子的map的时候,会不会把box中的水作为口袋的一部分去计算能量?
发表于 2014-11-14 12:51:54 | 显示全部楼层
不会,Autodock只会把水分子当作氧原子,因为是单独的,这个才是问题的所在。
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