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[Pymol] 请问范德华力作用图如何做出来

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发表于 2014-11-9 22:50:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我在一篇文献中看到可以将配体的范德华力作用范围显示出来,如图所示。请问在pymol里如何实现这个效果。请高手指点,谢谢!
van.jpg
 楼主| 发表于 2014-11-12 10:08:14 | 显示全部楼层
自己顶一个,盼高手指点!
发表于 2014-11-12 12:01:19 | 显示全部楼层
这是VDW表面的图,可以使用pymol做出来。
1、把蛋白、配体和残基分开,做成三个object。
2、显示蛋白的范德华表面(surface)。
3、以点图显示小分子的表面(surface)。
4、显示残基的表面(surface),设置透明。

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非常有用,感谢达人指点!  发表于 2014-11-14 00:07
发表于 2015-8-31 16:35:59 | 显示全部楼层
楼主,按照上述的方法没做出来,可以详细介绍一下吗?
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