分子对接小疑惑（新）

浪模拟

在autodock对接的时候，用的是遗传算法（拉马克）进行最优的构象搜索，找最优的构象，这个过程就相当于你有多把很相似的钥匙，你又不知道哪一把是开这个锁的，那么很简单，你把所有钥匙（不同的构象）插进锁里面了看能不能打开这把锁，能打开就找到了你想要的钥匙（最优的构象）。我的疑问是，在autodock对接实际过程中并没有考虑如何把小分子放进蛋白口袋中，就相当于没有考虑插入钥匙的过程，假如口袋内腔大，而袋口比较小（如同钥匙空被堵了），一个较大的分子能在口袋里面有较好的结合能，但是呢，这个蛋白质根本就比袋口大，它本就进不去这个口袋，何来对接一说。当时这个问题被师兄鄙视过，可能问题很低级，望大神们不吝赐教{:soso_e183:}{:soso_e182:}。。。

川大-灰太狼

这回看明白了，这个是个很好的问题，做模拟中有时候也是必须考虑的。但分子对接本身，并不能回答这个问题，通常需要使用分子动力学的拉伸动力学来解决这个问题。

大工-阿里巴巴

实际上这就是蛋白质中的通道问题了，1个可能是你在对接的时候，蛋白质的结构是静态的，你所看到的口袋口比较小，但是有可能这些残基柔性比较大，在做MD的过程就可以看到这个袋口的伸缩。另一个是你可以采用探索蛋白通道的特定软件，比如CAVER, MOLE2这类的软件

浪模拟

大工-阿里巴巴 发表于 2014-11-4 15:06
实际上这就是蛋白质中的通道问题了，1个可能是你在对接的时候，蛋白质的结构是静态的，你所看到的口袋口比 ...

即便是MD能看到袋口的收缩，但是也不能判定蛋白能否进去吧。

大工-阿里巴巴

浪模拟 发表于 2014-11-4 18:00
即便是MD能看到袋口的收缩，但是也不能判定蛋白能否进去吧。

能看到收缩和舒张，是表面口袋的大小是可变的而已，如果你要找小分子进来的途径，就是做拉伸动力学就可以了呀