Pymol观察动力学结果的配体，请问多出的键是怎么回事？

岸芷汀兰 · 发表于 2014-10-29 22:54:15

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求助大家，跑完动力学后，提取出蛋白中的小分子，出现多余的键，这是怎么回事呢？

右边苯环上的键是多余的

file:///C:\Users\yxy\Documents\Tencent Files\623950626\Image\~~F{PGK7XK)%5_@69}_)NDE.jpg

浪模拟 · 发表于 2014-10-30 10:33:49

上次在群里有人说，pdb文件里面没有给出键的信息，也就是谁和谁成键没有给出来，是根据原子坐标来算出原子间的距离来判定他们成不成键，估计你这是坐标出错了，导致那三个原子太接近，就连在一块了
不知道对否，供参考

川大-灰太狼 · 发表于 2014-10-30 10:47:10

浪模拟发表于 2014-10-30 10:33
上次在群里有人说，pdb文件里面没有给出键的信息，也就是谁和谁成键没有给出来，是根据原子坐标来算出原子 ...

呵呵小浪回答得很对！你的动力学跑后得到的小分子苯环（或者是六元环）发生了变化，导致某些原子离得较近，导致pymol图像出来就是这样了。
解决办法：1、检查动力学过程是否正确；2、优化下动力学结果的结构。

岸芷汀兰 · 发表于 2014-10-31 09:29:04

浪模拟发表于 2014-10-30 10:33
上次在群里有人说，pdb文件里面没有给出键的信息，也就是谁和谁成键没有给出来，是根据原子坐标来算出原子 ...

嗯嗯，谢啦~~~~

岸芷汀兰 · 发表于 2014-10-31 09:30:34

川大-灰太狼发表于 2014-10-30 10:47
呵呵小浪回答得很对！你的动力学跑后得到的小分子苯环（或者是六元环）发生了变化，导致某些原子离得较 ...

谢谢太郎兄！昨天看了一下，跑动力学之前小分子的itp文件出了问题。

岸芷汀兰 · 发表于 2014-10-31 09:31:13

viger87 发表于 2014-10-30 14:36
这是软件显示的问题，所见非所得，键的问题不用在意。
实际上应该是你取出的分子结构有问题，你取的是某一 ...

谢啦~~~~

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