vina对接结果

浪模拟

vina对接出来的结果（pdbqt文件）导入到pymol或adt成这样了

                               
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{:soso_e153:}，何解？

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MODEL 1
REMARK VINA RESULT:      -7.7      0.000      0.000
REMARK  7 active torsions:
REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
REMARK    1  A    between atoms: S_1  and  C_17
REMARK    2  A    between atoms: S_1  and  C_18
REMARK    3  A    between atoms: C_16  and  N_7
REMARK    4  A    between atoms: C_13  and  C_17
REMARK    5  A    between atoms: C_18  and  C_21
REMARK    6  A    between atoms: C_21  and  CA_24
REMARK    7  A    between atoms: CA_24  and  C_26
ROOT
ATOM      1  O   LIG d   1      23.767   5.362  17.628  0.00  0.00    -0.284 OA
ATOM      2  O   LIG d   1      25.293   5.707  16.174  0.00  0.00    -0.281 OA
ATOM      3  O   LIG d   1      24.639   4.035  16.200  0.00  0.00    -0.279 OA
ATOM      4  C   LIG d   1      24.311   5.860  17.257  0.00  0.00     0.150 A
ATOM      5  C   LIG d   1      24.704   5.424  16.677  0.00  0.00     0.261 A
ATOM      6  C   LIG d   1      24.403   4.656  16.689  0.00  0.00     0.276 A
ATOM      7  C   LIG d   1      23.825   4.618  17.276  0.00  0.00     0.213 A
ENDROOT
BRANCH   4   8
ATOM      8  C   LIG d   1      24.439   6.656  17.436  0.00  0.00     0.054 C
BRANCH   8   9
ATOM      9  S   LIG d   1      23.885   7.072  17.885  0.00  0.00    -0.131 SA
ATOM     10  C   LIG d   1      23.152   7.266  17.561  0.00  0.00     0.068 C
BRANCH   9  11
ATOM     11  C   LIG d   1      24.066   7.294  18.659  0.00  0.00     0.028 C
BRANCH  11  12
ATOM     12  C   LIG d   1      24.032   8.089  18.878  0.00  0.00     0.033 C
BRANCH  12  13
ATOM     13  CA  LIG d   1      24.192   8.310  19.657  0.00  0.00     0.167 C
ATOM     14  N   LIG d   1      24.352   7.733  20.224  0.00  0.00    -0.142 N
BRANCH  13  15
ATOM     15  C   LIG d   1      24.191   9.107  19.868  0.00  0.00     0.231 C
ATOM     16  O   LIG d   1      24.793   9.604  19.602  0.00  0.00    -0.643 OA
ATOM     17  OXT LIG d   1      23.589   9.407  20.346  0.00  0.00    -0.643 OA
ENDBRANCH  13  15
ENDBRANCH  12  13
ENDBRANCH  11  12
ENDBRANCH   9  11
ENDBRANCH   8   9
ENDBRANCH   4   8
BRANCH   7  18
ATOM     18  N   LIG d   1      23.381   3.951  17.478  0.00  0.00    -0.250 N
ATOM     19  C   LIG d   1      23.440   3.527  18.177  0.00  0.00     0.173 A
ATOM     20  N   LIG d   1      23.918   3.622  18.843  0.00  0.00    -0.205 NA
ATOM     21  C   LIG d   1      22.896   2.908  18.144  0.00  0.00     0.155 A
ATOM     22  C   LIG d   1      23.851   3.097  19.476  0.00  0.00     0.202 A
ATOM     23  N   LIG d   1      23.307   2.477  19.443  0.00  0.00    -0.202 NA
ATOM     24  C   LIG d   1      22.829   2.383  18.777  0.00  0.00     0.206 A
ATOM     25  N   LIG d   1      22.285   1.764  18.744  0.00  0.00    -0.125 N
ATOM     26  N   LIG d   1      22.505   2.955  17.424  0.00  0.00    -0.219 NA
ATOM     27  C   LIG d   1      22.804   3.598  17.014  0.00  0.00     0.186 A
ENDBRANCH   7  18
TORSDOF 7
ENDMDL

jianchen7882

建议用openbabel转化一下格式在用pymol查看

浪模拟

jianchen7882 发表于 2014-10-20 08:27
建议用openbabel转化一下格式在用pymol查看

openbabel里面没有pdbqt格式，没法转啊

川大-灰太狼

pymol对于pdbqt的格式阅读有问题，可以用openbable转换为其他格式的，如mol2格式。一般情况Autodock的结果是直接可以导入pymol看的。

浪模拟

川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 10:32
pymol对于pdbqt的格式阅读有问题，可以用openbable转换为其他格式的，如mol2格式。一般情况Autodock的结果 ...

狼兄，有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换，转换后好看了些，但还是有问题。D:\Documents\Desktop\QQ图片20141020131850.jpg

浪模拟

狼兄，有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换，转换后好看了些，但还是有问题。

浪模拟

浪模拟 发表于 2014-10-20 13:21
狼兄，有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换，转换后好看了些，但还是有问题 ...

试过sdf，mol2，pdb都不行

川大-灰太狼

你是转换为什么格式的了呢？

浪模拟

川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 17:40
你是转换为什么格式的了呢？

将生成的pdbqt转换成sdf，mol2，pdb都试过，但是都还有错。我对接之前没有能量最小化，后来能量最小化试了之后结果没有错，但是不知道为什么不能量最小化就会出错。