autodock做ligand-protein对接时出现的系列问题（详细）求解

jing · 发表于 2014-10-12 15:28:51

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1.Grid 设盒子时出现如下提示。（在受体PDBQT文件准备时，对受体进行add Kollman charges,受体电荷变为-5.403，而把受体导入grids时，grid提示是否保留之前已经加上的电荷以代替 ADT 自动加上 Gasteiger 电荷点，我点yes之后，计算了一下受体电荷变为-32.156。请问我需要怎么处理?我又对受体进行了add Kollman charges,受体电荷变为-5.403，我就接着后续处理了，请问对么？）

如图一

点击yes 确定后，

如图2

显示一屏幕的

如图3

说含有non-boned atoms，这个怎么解决？

2.导入大分子时又出现了这个unable to assign HAD type to atom N

如图4

3.盒子设置时候，怎么通过受体PDB的一个原子找活性位点的坐标？

4.如果知道结合位点可能在两个区域，怎么同时做两个盒子的模拟？

5.最小能量在什么范围内，结果是比较准确的呢？

如file:///C:\Documents and Settings\Administrator\Application Data\Tencent\QQPinyin\Face\ImageCache\20.gif图5

6.点clustering的时候,切换构形时出现这个错误。

如图6

7.最后Analysis- docking- show interaction出错

如图7

和下面这个，请问该怎么处理？

如图8。

hermes0220 · 发表于 2015-2-7 20:06:03

你的第一个问题我也总遇到，还不会解决，你现在会了吗？

quqiang1983 · 发表于 2015-5-1 20:15:10

同求第一个问题

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