glide分子对接配体准备问题

wangpanpan98 · 发表于 2014-9-29 20:20:20

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我想用glide做分子对接，蛋白已经知道怎么准备，但在用ligpre模块准备配体时，生成三个文件ligprep_15.inp；ligprep_15.log；ligprep_15-out.maegz。有人说对接时用的是第三个文件，但ligprep_15-out.maegz什么也没有，查看ligprep_15.log时，发现有一处错误：
ligprep running: premin
OK structures in: ligprep_15-out_subjob_1_prout.maegz
problematic structures in: ligprep_15-out_subjob_1_prout_bad.maegz
premin -lic ligprep -m filter -f 14 -s ligprep_15-out_subjob_1_prout.maegz -u ligprep_15-out_subjob_1_prout_bad.maegz ligprep_15-out_subjob_1_rcout.maegz > ligprep_15-out_subjob_1_pr.log 2>&1
**** ERROR : premin produced no output structures ****
Last 30 lines of ligprep_15-out_subjob_1_pr.log:
Premin
Premin. Copyright Schrodinger, LLC. All rights reserved.
不知道这种错误是什么样的错误，问题出在哪，我知道咱们这论坛里面有很多人都很有经验，请大侠帮下忙，非常感谢。。。。

fanc232 · 发表于 2014-9-30 08:37:42

那你去查查 ligprep_15-out_subjob_1_prout.maegz 和ligprep_15-out_subjob_1_prout_bad.maegz的结构，前者是OK的，后者是有问题的，对比一下看看？

wangpanpan98 · 发表于 2014-9-30 11:53:22

fanc232 发表于 2014-9-30 08:37
那你去查查 ligprep_15-out_subjob_1_prout.maegz 和ligprep_15-out_subjob_1_prout_bad.maegz的结构，前者 ...

后者有问题的结构是对化合物的处理，你看我的错误是不是因为没权限啊

wangpanpan98 · 发表于 2014-9-30 11:54:49

fanc232 发表于 2014-9-30 08:37
那你去查查 ligprep_15-out_subjob_1_prout.maegz 和ligprep_15-out_subjob_1_prout_bad.maegz的结构，前者 ...

这两个文件是系统中间生成的，没有现成的文件可以查看

川大-灰太狼 · 发表于 2014-9-30 15:04:11

首先，你的Schrodinger还有ligprepare模块的license，其次仔细检查你的配体分子的结构。

数据挖掘 · 发表于 2015-3-7 14:02:08

精通glide，你把你的分子文件，发过来，我帮你准备下。

wangpanpan98 · 发表于 2015-3-12 20:53:49

数据挖掘发表于 2015-3-7 14:02
精通glide，你把你的分子文件，发过来，我帮你准备下。

谢谢，已经解决了

hellotf · 发表于 2016-6-30 14:51:32

数据挖掘发表于 2015-3-7 14:02
精通glide，你把你的分子文件，发过来，我帮你准备下。

你好，大神麻烦问一下配体中存在金属离子要如何处理一下

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[Schrodinger] glide分子对接配体准备问题

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