分子对接晶体结构的确定

浪模拟 · 发表于 2014-9-29 10:15:12

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想做一个FDA已批准药物和它对应的靶点的分子对接，从drugbank中搜到药物，找到其uniprot号，但是uniprot号对应着多个pdb号，请问，我该怎么选取PDB晶体结构？

川大-灰太狼 · 发表于 2014-9-30 15:09:03

首先，一个药物对应很多个蛋白是很正常的，一种可能是这个药物分子作用于多个蛋白，一种可能是有多个人获得了这个药物与同个蛋白的不同解析度的pdb，或者是同个药物作用在这个蛋白上不同的活性位点。、

你要对接，首先要明确你的药物分子与那个蛋白相互作用，活性位点在哪里，这些都需要你查阅文献来确定。不是说拿来就对接的！

fanc232 · 发表于 2014-9-30 08:53:51

通常一个Uniprot对应一个物种的一个蛋白质，这个蛋白质如果解析条件不太难的话，会有很多人解析出来存到PDB库里面，每个被解析的结构对应一个PDB号。
选择的时候，我能想得到的有几点，其它的还需要经验丰富的朋友们补充和指正：
第一，类似废话，先检查哪个PDB号对应的是配体-受体的复合体；
第二，查资料看蛋白质受体是以单体形式作用还是以多聚体作用的，在PDB里找对应的形式；
第三，同等条件下看resolution值，在PDB页面蛋白质结构图的下方。值越小越好。表示解析程度越高。结构上的错误越少。

浪模拟 · 发表于 2014-9-29 21:18:05

请多多指教

浪模拟 · 发表于 2014-9-30 08:40:16

希望大神不吝赐教

浪模拟 · 发表于 2014-9-30 11:11:48

本帖最后由浪模拟于 2014-9-30 11:13 编辑

火狐截图_2014-09-30T03-05-46.699Z.png

D:\Documents\Desktop\火狐截图_2014-09-30T03-05-46.699Z.png

浪模拟 · 发表于 2014-9-30 11:12:04

D:\Documents\Desktop\火狐截图_2014-09-30T03-05-46.699Z.png

Cuizhen · 发表于 2014-10-27 17:59:49

本帖最后由 Cuizhen 于 2014-10-27 18:08 编辑

用多聚体做对接时，需要把多聚体变成单聚体吗？多谢。

浪模拟 · 发表于 2014-10-28 09:07:32

Cuizhen 发表于 2014-10-27 17:59
用多聚体做对接时，需要把多聚体变成单聚体吗？多谢。

对接是用口袋和小分子对接的，你可以设置小分子在那个范围内和受体结合，与多聚体无关

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