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[AutoDock&Vina] autodock活性中心选择残基的问题

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发表于 2014-9-16 09:36:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在分子对接过程中,已知蛋白质的氨基酸序列和活性中心的位置,怎么确定活性中心的坐标,即box里x,y,z的数值
发表于 2014-9-16 10:19:01 | 显示全部楼层
活性坐标比较简单的选择方式就是配体某个原子的坐标。xyz值就是要包括这个活性口袋。如果有文献参考就更好
发表于 2014-9-20 08:37:36 | 显示全部楼层
我觉得这个中心位置的坐标不一定非得那么准确,在set box的窗口中可以通过移动像轮子一样的button(最下方三个)可以移动中心点位置。移到你认为的活性点中心位置就可以读X,Y,Z坐标了。
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