德国不流行做计算机辅助药物设计吗？

fanc232

http://www.doktorandenboerse.info/suchen/index.php这个页面是朋友给的，让我帮着参考一下专业。由于朋友是学药理学，所以我就在Medizin（药学），Biology（生物学）里，看完了那几百个链接。因为自己是做计算机辅助药物设计的，也顺便看了看mathmatik/informatik下的专业，处于好奇还扫了一眼pharmazie下的专业。
然后就杯具了。
我从里面基本就没找到做计算机辅助药物设计的啊。里面凡是涉及到生物信息学的，基本都是搞数学建模来分析细胞信号通路的。
我因为这个郁闷了好几天，就奇了怪了，我记得计算机辅助药物设计在国外好像挺热的啊，怎么德国没有啊，难道严谨认真的德国人不认这个？

xxffliu

全世界做CADD的也就那么几个组，因为这个领域一直没啥进展，所以申请基金也越来越难，德国（和其他德语区，瑞士及奥地利）还是有几个做的很好的组：

Jürgen Bajorath (Universität Bonn)，从BMS回到学术界，现在为JCIM主编，JMC副主编
Matthias Rarey (Universität Hamburg)，BioSolveIT的创始人之一，发展了无数软件方法，如FlexX
Gerhard Klebe (Philipps-Universität Marburg)，德国CADD的元老之一，发展了Relibase，DrugScore等著名软件，研究涉足CADD所有领域。
Gisbert Schneider (ETH Zurich)，这个也很有名，开发了很多重头设计和虚拟筛选软件
Amedeo Caflisch (Universität Zurich)，论坛里大名鼎鼎firefly的老板
Gerhard Wolber (Freie Universität Berlin)，开发了基于受体的药效团软件LigandScout，这软件界面不错。
Hugo Kubinyi (BASF AG)，这个一般做CADD的都知道，BASF的CADD部门的头，很大年纪的大叔了，作为主编参加了无数药物化学丛书的编写。
Johann Gasteiger (Universität Erlangen-Nürnberg)，Chemoinformatics的先驱之一，Gastager电荷计算方法的发明人，Corina的开发者，现在好像退了。

还有很多，不列举了。

fireflying

计算机辅助药物设计的确现在发展的很缓慢，到了一个瓶颈期，突破很难，因为药物发现的成功率本来就很低（相当的低），现有计算的准确度还难以很好的处理这个问题。打个比方说，药物发现原本是大海捞针，计算机辅助筛选是湖里捞针，作用是显著的，但是远远不够。相对而言，现有的计算水平可以比较好的处理生物学中的其它一些问题，如计算生物学、统计生物学。当然了，用计算的方法辅助优化已知有活性的化合物结构是通行的办法，也很成功。不过呢，结构优化对于有经验的药物化学家来说大部分时候不做计算也可以。此外，获得一个全新的、有活性的结构也是可遇不可求的事情。

计算机辅助药物设计很多组都会做一些，不过持续性的工作比较少。一方面是因为难度大，另外一方面也不容易发文章。JCIM以及JCTC上面关于CADD炒概念灌水的文章也很多，比较的无聊。无聊之处在于，大家都说自己开发的方法可好了，可就是光打雷不下雨，等个好几年，发现这些作者都只不停的灌水，很少用他们开发的方法真正做出好的化合物出来。

做药物化学合成的人学学基于结构的药物优化方法还是有所帮助的。学弟学妹要是打算从事纯计算辅助药物设计，这个要谨慎。

fanc232

xxffliu 发表于 2014-9-14 20:44
全世界做CADD的也就那么几个组，因为这个领域一直没啥进展，所以申请基金也越来越难，德国（和其他德语区， ...

您列举的这些已经很丰富了。知道这么多，实在是太厉害了！不过我看了一下，里面好像大多都是做CADD类软件开发的。应用CADD方法预测——生物实验验证，用这个流程进行新药开发的实验室，好像也没找到，仿佛国外的生物实验室从来借助CADD进行药物开发一样。与之相反，我在看很多CADD教材的时候，最后一章都是讲解药物开发实例，有很多CADD设计药物的例子。

fanc232

xxffliu 发表于 2014-9-14 20:44
全世界做CADD的也就那么几个组，因为这个领域一直没啥进展，所以申请基金也越来越难，德国（和其他德语区， ...

刚才回复少打了一个“不”字。给我感觉好像国外做CADD的，都是偏重于软件开发，反而没有几个实验室真的借助CADD方法研发药物一样。

fanc232

fireflying 发表于 2014-9-15 00:05
计算机辅助药物设计的确现在发展的很缓慢，到了一个瓶颈期，突破很难，因为药物发现的成功率本来就很低（相 ...

CADD筛药相对于盲筛，已经可以节约很多成本和时间了。
我本科学生物，很多过程和知识只能背下来，没有原理和推导，完全不是学习理科的感觉，所以研究生的时候选择了生物信息学，以为能用交叉学科的优势探究生物里面的规律和原理啥的，本科那时候就是太天真啊。

研究生所在的实验室做药物研发，有生物信息组和实验组。我被分配到生物信息组CADD方向上，很喜欢这个方向，一直在认真探索这一行。
如今发现这个好像没有什么出路，就跑来论坛里打听，看目前的情况，我可能得考虑转方向了。转进实验组，进行生物实验方面的训练吧。

xxffliu

fanc232 发表于 2014-9-15 10:39
刚才回复少打了一个“不”字。给我感觉好像国外做CADD的，都是偏重于软件开发，反而没有几个实验室真的借 ...

真的做实验是需要烧钱的……有些人只开发方法，与做实验的组合作进行验证；有的人钱比较多，在开发软件的同时也养着一帮做合成和生物的人进行验证。至于做药，CADD是整个药物研发领域中的重要技术，但不是关键技术，你不能指望仅靠CADD就搞个药出来，正如fireflying所说，能帮你缩小候选范围，少走点弯路，省点无关紧要的小钱，CADD只能帮你到这了。

xxffliu

fanc232 发表于 2014-9-15 10:50
CADD筛药相对于盲筛，已经可以节约很多成本和时间了。
我本科学生物，很多过程和知识只能背下来，没有原 ...

这个领域坑基本已占满，如果你不是天才能够搞出创新性突破，要么跟着大流用老掉牙的技术炒概念，要么做点修修补补的工作灌灌水，要么跟做实验的人合作整天哄着他们验证你的设计和想法，要么能骗来钱雇几个做实验人的给你打工，要么，呵呵，如你的选择，转行做实验，命运掌握自己手中，做不出来还可以怪计算设计的东西不准

fanc232

xxffliu 发表于 2014-9-16 03:51
这个领域坑基本已占满，如果你不是天才能够搞出创新性突破，要么跟着大流用老掉牙的技术炒概念，要么做点 ...

看到第一句话我不禁想起以前看过的一段话：数学是火，点燃物理的灯；物理是灯，照亮化学的路；化学是路，通往生物的坑；生物是坑，埋葬学理的人。现在连埋都埋不下了。

xxffliu

fanc232 发表于 2014-9-16 08:52
看到第一句话我不禁想起以前看过的一段话：数学是火，点燃物理的灯；物理是灯，照亮化学的路；化学是路， ...

先人有谚云：哪家黄土不埋人呢