求助modeller或者其他同源建模软件如何构建寡聚体蛋白

eaeas12 · 发表于 2014-9-10 11:06:00

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本人刚开始学习这方面的软件，有很多地方不懂，通过论坛教程我已经将蛋白单体构建完成，现在我需要将单体蛋白构建成寡聚体蛋白，网上完全找不到教程，求助各位朋友有什么方法或者软件可以构建寡聚体蛋白，有具体方法最好了，先谢谢大家了！

fanc232 · 发表于 2014-9-10 15:52:47

从来没构建过。不过如果我接到这种任务，我第一个想法是这么干：查看templats，看有没有序列匹配比较好，同时template又是寡聚体的。然后更改modeller里面的align什么的文件，把目标序列分别复制到寡聚体的若干条单体序列下面，再然后去生成文件，再再然后跑个能量最小化，最后做个分子动力学模拟啥的。

fanc232 · 发表于 2014-9-10 15:54:34

从没做过这方面工作，刚才纯属随便说说。坐等解答，也跟着涨涨知识。

eaeas12 · 发表于 2014-9-10 16:43:23

fanc232 发表于 2014-9-10 15:52
从来没构建过。不过如果我接到这种任务，我第一个想法是这么干：查看templats，看有没有序列匹配比较好，同 ...

有道理~~~学习了~~~

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-9-11 20:13:08

eaeas12 发表于 2014-9-10 16:43
有道理~~~学习了~~~

http://bioms.org/thread-1095-1-1.html 请看这个链接

eaeas12 · 发表于 2014-9-13 10:03:49

大工-阿里巴巴发表于 2014-9-11 20:13
http://bioms.org/thread-1095-1-1.html 请看这个链接

谢谢，阿里哥，但是这个网站只能构建2个单体蛋白，我现在需要构建14聚体的蛋白~~~

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-9-15 14:56:11

eaeas12 发表于 2014-9-13 10:03
谢谢，阿里哥，但是这个网站只能构建2个单体蛋白，我现在需要构建14聚体的蛋白~~~ ...

我勒个去，14聚体，好夸张的说嘞，一般的模建软件估计都挺难直接实现的

eaeas12 · 发表于 2014-9-23 15:10:16

大工-阿里巴巴发表于 2014-9-15 14:56
我勒个去，14聚体，好夸张的说嘞，一般的模建软件估计都挺难直接实现的

是寡聚体蛋白~~~~~而且有模板~~·

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