请教两个关于autodock的问题

atmdd · 发表于 2014-9-1 11:17:45

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

在用autodock做对接时一直有一些疑问，在此请教大家
1.在建盒子的时候，能够调整盒子的长宽高，但是怎养能将盒子作为一个整体，扭转整个盒子呢？
2.也是在建盒子的时候，对受体进行单独操作，只能平移，如何能够翻转小分子？

atmdd · 发表于 2014-9-2 17:30:06

不经意间的呐喊发表于 2014-9-1 20:30
扭转整个盒子是什么意思？autodock应该不能翻转小分子吧。。不知道回答的对不对。 ...

是这样子，我的口袋差不多就是个长方形，但是盒子与我的口袋不能平行对齐，是歪的，要是不把盒子与口袋平行对齐，需要把盒子建的更大才能包住我的口袋，但同时盒子也多包括了很多不必要的空间，影响对接结果。想扭转小分子配体是想把小分子摆到想得到的对接位置上，然后建盒子。说的不清晰，希望能看懂。。。

atmdd · 发表于 2014-9-2 17:31:17

墨竹晓风发表于 2014-9-2 09:42
1为什么需要扭转盒子？盒子只需要包含pocket就行，不分上下左右。2没看懂

是这样子，我的口袋差不多就是个长方形，但是盒子与我的口袋不能平行对齐，是歪的，要是不把盒子与口袋平行对齐，需要把盒子建的更大才能包住我的口袋，但同时盒子也多包括了很多不必要的空间，影响对接结果。想扭转小分子配体是想把小分子摆到想得到的对接位置上，然后建盒子。说的不清晰，希望能看懂。。。

atmdd · 发表于 2014-9-3 09:44:07

墨竹晓风发表于 2014-9-3 09:02
如果是图形化的长宽高的盒子，那么只能通过调大盒子尺寸来完成。有些软件，比如GOLD，DOCK，可以指定小分子 ...

我是在做dNTP和一段双螺旋一个上的碱基进行对接，用那个软件比较适合呢？还有就是请问win下的autodock在哪里输入代码？

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-9-1 20:30:38

扭转整个盒子是什么意思？autodock应该不能翻转小分子吧。。不知道回答的对不对。

jianchen7882 · 发表于 2014-9-2 09:00:26

同意楼上也没扭转过盒子，也是改过小分子的坐标，没扭转过分子

墨竹晓风 · 发表于 2014-9-2 09:42:37

1为什么需要扭转盒子？盒子只需要包含pocket就行，不分上下左右。2没看懂

atmdd · 发表于 2014-9-2 17:30:57

jianchen7882 发表于 2014-9-2 09:00
同意楼上也没扭转过盒子，也是改过小分子的坐标，没扭转过分子

那请问小分子可以扭转过来吗？

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-9-2 20:22:04

明白你的意思了。你用的图形化界面应该是不能扭转盒子的，需要更大的盒子包围住。（用代码的话可能行，设置你想要的盒子形状。但是没见到有人做过，我是根据分子动力学软件类推过来的。嘿嘿）

墨竹晓风 · 发表于 2014-9-3 09:02:03

如果是图形化的长宽高的盒子，那么只能通过调大盒子尺寸来完成。有些软件，比如GOLD，DOCK，可以指定小分子周围几A的残基，会稍微准确些。

atmdd · 发表于 2014-9-3 09:38:47

不经意间的呐喊发表于 2014-9-2 20:22
明白你的意思了。你用的图形化界面应该是不能扭转盒子的，需要更大的盒子包围住。（用代码的话可能行，设置 ...

对，用的图形界面，在win下用的。。那就是用图形界面的盒子没办法解决了吗？....

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[AutoDock&Vina] 请教两个关于autodock的问题