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Vmax/Km,Vmax,Km

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发表于 2012-12-26 14:47:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在一级反应中,米氏方程V=S*Vmax/(Km+S),通过双倒数法作图(1/V-1/S)得到1/V=Km/S*Vmax+1/Vmax,Km/Vmax为斜率,1/Vmax为1/V轴交点,-1/Km为1/S交点。当我们在讨论酶催化的底物特异性或者不同辅酶的依赖性时,根据实验数据,采用双倒数法可以求出Km,Vmax,Vmax/Km值。如何表征底物的特异性和辅酶的依赖性?Km是酶促反应速度为最大反应速度一半时的底物浓度,单位是mol/L,表示酶对底物的亲和力。Km值越小,酶和底物的亲和力越强,酶促反应越容易进行。Vmax单位为U/mg蛋白,Vmax值越大,每毫克蛋白酶的活力越高,酶活力越大。Vmax/Km值为酶催化特定底物时的催化效率的综合衡量标准,该值越大,酶对底物的特异性越强。这是我对Vmax/Km理解,不知道是否正确,请这位高手指教!
发表于 2012-12-26 20:10:03 | 显示全部楼层
Generally, 是这么回事。但是要注意几点:双倒数做图得到的结果是最低限能接受的;Km大多数情况下不等同于Ks,虽然Km能够相对衡量substrate binding affinity,酶促反应是否容易进行,不仅仅取决于substrate binding. Kcat的改变往往是百倍 千倍的,Kcat涉及了更过的chemical steps. substrate specifivcity也往往是由于transition state 的改变,而不是ground state binding interactions的变化。
发表于 2012-12-26 20:16:59 | 显示全部楼层
Generally, 是这么回事。但是要注意几点:双倒数做图得到的结果是最低限能接受的;Km大多数情况下不等同于K ...

飞天哥果然是高人,我也得继续努力提高自己的酶动力学基础知识~
发表于 2012-12-26 20:10:00 | 显示全部楼层
Generally, 是这么回事。但是要注意几点:双倒数做图得到的结果是最低限能接受的;Km大多数情况下不等同于K ...

请教飞天哥,双倒数法和prism中的拟合方法,分别适用情况。怎么选择适用于特定体系Km的计算?
发表于 2012-12-26 23:46:49 | 显示全部楼层
请教飞天哥,双倒数法和prism中的拟合方法,分别适用情况。怎么选择适用于特定体系Km的计算? ...

双倒数法已经很古老了,prism的拟合是一个简单的非线性拟合。现在一般都会选择非线性拟合求Km和Vm,双倒数作图仍然可以出现在paper中,适合说明机理(如抑制,双底物反应机理等等)。prism的拟合我没有用过,但是如果知道你要求什么,可以根据方程,使用任何可以做非线性拟合的软件。我在博客中介绍了使用libreoffice的非线性拟合,以及播客中用Qtiplot做非线性拟合。当然,我还是推荐用gnumeric的solver。
发表于 2012-12-26 20:10:00 | 显示全部楼层
双倒数法已经很古老了,prism的拟合是一个简单的非线性拟合。现在一般都会选择非线性拟合求Km和Vm,双倒 ...

我想做的是,抑制剂对底物的竞争抑制关系,通过Km的变化来表征可以吗?或者是有其他的试验方法?
发表于 2012-12-27 04:06:52 | 显示全部楼层
有个低级问题请教....为什么做酶动力学表征的时候一定要纯化出的酶呢?根据拟合,无关和蛋白质纯度啊.
发表于 2012-12-26 23:46:00 | 显示全部楼层
纯度决定了你的比酶活啊~V和比酶活有关而非总酶活,你用双倒数拟合的话不是1/V和1/S的关系吗?哈哈
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