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宏基因组PCR中出现拖尾?

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发表于 2012-12-25 21:45:01 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在宏基因组PCR中出现了拖尾现象,我自己找不到原因在哪里,请问有大师可以帮我分析下吗?图谱如下:2.jpg(24.52 KB, 下载次数: 0)
2012-12-25 21:44 上传
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2012-12-25 21:44 上传
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发表于 2012-12-26 12:23:44 | 显示全部楼层
描述不清楚呀,原因太多了,很有可能是你的宏基因组DNA降解了,你p的什么条带?
 楼主| 发表于 2012-12-26 15:19:26 | 显示全部楼层
描述不清楚呀,原因太多了,很有可能是你的宏基因组DNA降解了,你p的什么条带? ...

谢谢你的回复噢,我是从土壤中提取的宏基因组,自己设计的兼并引物,进行PCR的
 楼主| 发表于 2012-12-26 12:23:00 | 显示全部楼层
描述不清楚呀,原因太多了,很有可能是你的宏基因组DNA降解了,你p的什么条带? ...

我提出宏基因组后还跑了核酸电泳,条带也是正常的呢,难道PCR条件出了问题?可是出在哪儿呢?是延伸时间太长(8min),还是退火温度低(48-58℃梯度的)了呢?,我的目的基因大小大约为1000bp左右
发表于 2012-12-26 15:26:33 | 显示全部楼层
据实验室做宏基因组的同学分析,1、一般土壤宏基因组DNA提取后稀释100倍在进行PCR,2、循环完成后的终延伸温度8min?一般终延伸温度2-5min足矣,时间越长出现杂带几率越高。3、退火温度确实挺低的,不过你的引物时兼并引物,很多条件都需要再次的摸索和优化。
 楼主| 发表于 2012-12-26 12:23:00 | 显示全部楼层
据实验室做宏基因组的同学分析,1、一般土壤宏基因组DNA提取后稀释100倍在进行PCR,2、循环完成后的终延伸 ...

恩,我再试试,谢谢你

                               
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发表于 2012-12-26 16:29:38 | 显示全部楼层
你这个要做PCR-DGGE后续电泳不是用普通琼脂糖来分离的。
 楼主| 发表于 2012-12-26 20:35:03 | 显示全部楼层
你这个要做PCR-DGGE后续电泳不是用普通琼脂糖来分离的。

谢谢师兄的指点!

                               
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