宏基因组PCR中出现拖尾？

Anna · 发表于 2012-12-25 21:45:01

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在宏基因组PCR中出现了拖尾现象，我自己找不到原因在哪里，请问有大师可以帮我分析下吗？图谱如下：2.jpg(24.52 KB, 下载次数: 0)
2012-12-25 21:44 上传
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西大-song · 发表于 2012-12-26 12:23:44

描述不清楚呀，原因太多了，很有可能是你的宏基因组DNA降解了，你p的什么条带？

Anna · 发表于 2012-12-26 15:19:26

描述不清楚呀，原因太多了，很有可能是你的宏基因组DNA降解了，你p的什么条带？ ...

谢谢你的回复噢，我是从土壤中提取的宏基因组，自己设计的兼并引物，进行PCR的

Anna · 发表于 2012-12-26 12:23:00

描述不清楚呀，原因太多了，很有可能是你的宏基因组DNA降解了，你p的什么条带？ ...

我提出宏基因组后还跑了核酸电泳，条带也是正常的呢，难道PCR条件出了问题？可是出在哪儿呢？是延伸时间太长（8min），还是退火温度低（48-58℃梯度的）了呢？，我的目的基因大小大约为1000bp左右

西大-song · 发表于 2012-12-26 15:26:33

据实验室做宏基因组的同学分析，1、一般土壤宏基因组DNA提取后稀释100倍在进行PCR，2、循环完成后的终延伸温度8min？一般终延伸温度2-5min足矣，时间越长出现杂带几率越高。3、退火温度确实挺低的，不过你的引物时兼并引物，很多条件都需要再次的摸索和优化。

Anna · 发表于 2012-12-26 12:23:00

据实验室做宏基因组的同学分析，1、一般土壤宏基因组DNA提取后稀释100倍在进行PCR，2、循环完成后的终延伸 ...

恩，我再试试，谢谢你

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浙农林—老张 · 发表于 2012-12-26 16:29:38

你这个要做PCR-DGGE后续电泳不是用普通琼脂糖来分离的。

Anna · 发表于 2012-12-26 20:35:03

你这个要做PCR-DGGE后续电泳不是用普通琼脂糖来分离的。

谢谢师兄的指点！

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