【阿里杂谈-2】通道残基的识别-软件与应用

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-7-5 23:14:07

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做酶催化的各位朋友可能都会思考一个问题，如何对酶的催化效率进行有效的改变？通常的思路包括两点，一是通过理性设计，去改变蛋白质活性位点附近的氨基酸残基，因为根据已有的理论，活性位点的残基涉及底物的结合和催化过程，对这些位点进行突变很可能会改变酶和底物的亲和能力-Km和转化数-kcat。另一条路则是通过定向进化对酶进行非理性设计，通过多轮筛选去获得目标特性得以改善的突变体，进而分析可能的影响因素。而本文试图给大家呈现一个新的改造的目标：通道残基。众所周知，底物并不是直接出现在酶的活性位点，而是从溶液中通过酶分子内部的通道进入到活性口袋内部，反应之后的产物再通过特定的途径释放出来，最终完成一个催化循环。那么，如果底物分子较大，或者在通道中存在着十分狭窄的bottleneck残基，那么这个底物传递或者产物释放的过程必然会受到较大的影响，最终体现在催化效率上。因此，有研究者开发了专门识别通道残基的软件，目前比较有名的为CAVER(最新版本3.0，网址为：http://caver.cz/)。该软件可以作为Pymol的插件，对静态的PDB结构的通道进行识别，同时，也可以对MD产生的轨迹PDBs进行通道的簇分析。因此，是研究蛋白质通道的利器。附上几篇参考文献，欢迎大家共同交流：1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/230939192. http://www.jbc.org/content/early/2012/06/28/jbc.M112.377853.short3.http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/3164.http://www.nature.com/nchembio/j ... l/nchembio.205.html下不了的找fmt机器人帮忙哦~哈哈

夏夜晚风 · 发表于 2013-7-6 11:32:18

这个真的很好，不过我的PDB是同源建模的，模板identity只有52%。不知道可不可以用轨迹文件来分进行簇析？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-7-6 14:28:26

这个真的很好，不过我的PDB是同源建模的，模板identity只有52%。不知道可不可以用轨迹文件来分进行簇析？ ...

可以的~我的一个AMB就是用同源模型做的MD，然后进行的簇分析，可参见：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23494625

PPTase · 发表于 2013-7-6 11:32:00

非常有用的文章，謝謝你的介紹!

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fenzimoni · 发表于 2013-11-15 01:28:42

caver作为pymol插件的话，可不可以进行MD轨迹的通道簇分析？？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-11-15 10:12:38

caver作为pymol插件的话，可不可以进行MD轨迹的通道簇分析？？

不可以，需要去caver的官网上下载CAVER3.0的软件包，在Linux下安装就可以进行MD轨迹的通道簇分析啦

fenzimoni · 发表于 2013-11-15 10:16:49

不可以，需要去caver的官网上下载CAVER3.0的软件包，在Linux下安装就可以进行MD轨迹的通道簇分析啦 ...

好的，谢谢阿里！！

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