新手帖-autodock/vina/PyRx

hinry_jay · 发表于 2012-11-15 21:11:44

墨竹晓风发表于 2012-11-14 10:28

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raccoon 也可以用于处理蛋白吗？会有错误的情况吗？谢谢

raccoon 我没试过，好像不能。不过在PyRx 里也可以，好像是右键有一个made Macromolecular 的选项，直接就可以处理蛋白，不过个人建议还是在ADT里处理，反正就一个大分子，也花不了太多时间，不容易出错。

liuxch5 · 发表于 2012-11-28 22:06:09

有没有raccon的下载地址呢

hinry_jay · 发表于 2012-11-29 12:00:14

liuxch5 发表于 2012-11-28 22:06

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有没有raccon的下载地址呢

autodock 的页面上就有！挺好找的，或者你google autodock raccon 就行！

pesticide_ccnu · 发表于 2012-12-2 14:07:56

raccoon其实就是调用了autogrid以及autodock。只不过处理起来更加方便，因为会自己根据配体的原子类型去生成对应的dpf文件，所以比较适合多个配体与蛋白的对接。另外可以生成一个总的运行文件，不用一条条代码的去运行。raccoon可以生成蛋白的pdbqt文件，但是不能可视化，确定不了gridbox，所以adt还是必不可少的。

药化波波 · 发表于 2012-12-4 23:14:24

学习……

xufund · 发表于 2012-12-22 20:26:17

谢谢分享！我也是刚开始学习，感觉受体文件很难准备，老是报错，好像是说某些氨基酸残基没加氢，不知是什么原因。不知楼主有没有碰到这种情况。希望以后能多交流

xufund · 发表于 2013-1-11 03:48:02

精品啊精品

君木颜 · 发表于 2013-1-13 14:01:21

一开始安装的时候，的确遇到了很多的困难，要是早点看到这个帖子就好了，楼主的帖子对新人来说非常有用啊。当初一个人弄了一个礼拜啊。

hinry_jay · 发表于 2013-1-15 08:15:26

君木颜发表于 2013-1-13 14:01

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一开始安装的时候，的确遇到了很多的困难，要是早点看到这个帖子就好了，楼主的帖子对新人来说非常有用啊。 ...

都是新人，有什么问题大家多交流！

xufund · 发表于 2013-1-16 21:36:24

请教楼主，在win7中安装vina后，怎么启动啊？好像什么反应也没有，找不到安装在哪里啦

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