关于蛋白质结构loop的预测

Charleshen · 发表于 2014-3-30 10:16:07

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本帖最后由 Charleshen 于 2014-3-30 10:29 编辑 一个晶体结构loop缺失我们以长短来分类，小于5个认为一类，6-25认为一类，25以上认为一类。多数情况下我们的缺失在6-25之间，那么用哪些软件预测比较好呢？首先我们来谈论一下looper，在DS软件里面，looper算法可以在25个氨基酸以下实现预测，looper算法是ab intio，然后refine，产生RMSD聚类；Sybyl里面好像是基于经验，搜寻数据库匹配，理论上较准确，也适合长的loop建模，但是我没试过；然后就是modeller，适合小loop。结合Chimera建模，有视频我从网上下下来的。loop 补全就是阿里师兄提到的，Chimera建模视频我传在群里

Charleshen · 发表于 2014-3-30 10:49:40

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shjwu · 发表于 2014-4-1 02:12:48

在序列比对的时候，怎么知道loop是缺失的，而不是本来就没有这个loop呢？如果本来就没有这个loop，要给它强加上去，不会发生错误吗？

Charleshen · 发表于 2014-4-1 20:41:19

在序列比对的时候，怎么知道loop是缺失的，而不是本来就没有这个loop呢？如果本来就没有这个loop，要给它强 ...

建议你不要比对序列，而是比对结构。首先在PYMOL里面观察一下啊！尤其注意观察后确定loop缺失的第一个氨基酸和末尾的氨基酸位置，和你同源模板比对时要一致，比如你的loop缺失是这样的，和模板比对：GRIGGKKSS——ATSGRIGGKKSSASSATS我们可以看出，A可以在起始也可以在最后，所以要仔细看好你的结构来下决定，然后修改比对参数让他们正确的对应~否则你的结果可能差很远的

shjwu · 发表于 2014-4-1 02:12:00

当你说”A可以在起始也可以在最后“，是不是说，可以是这样：GRIGGKKSS-----ATSGRIGGKKSSASSATS或者这样：GRIGGKKSSA-----TSGRIGGKKSSASSATS对吗？A在前或者在后，结构上会有什么差异呢，能否详细告知。我是初学者，很多地方不明白。尤其搞不懂，当要建模的序列与同源序列相比，多出来一段序列（也就是有插入吧），在同源建模的时候软件会怎么处理？相反，当要建模的序列与同源序列相比，缺失了一段序列，建模的时候又会怎么处理？对于这一点，我始终认识比较模糊。能否麻烦您给个清晰的解释？谢谢！

Charleshen · 发表于 2014-4-2 05:26:42

当你说”A可以在起始也可以在最后“，是不是说，可以是这样：GRIGGKKSS-----ATSGRIGGKKSSASSATS

是的这样的话你的loop就不准确了啊！很明显A的位置不对啊

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