1，如果我们在PDB数据库里面查找一个蛋白时，我们会发现该数据库还提供一个该蛋白质模型的链接，通常是在SWISS-MODEL里面，是自动建模生成的，比如：http://www.proteinmodelportal.org//query/up/O75792/，我们可以看到有两个实验得到的蛋白质模型，两个同源模建的结构，这两个同源模建的结构的模板是序列一致性高达92%的模板建立的。有时候我们得到的实验结构通常是不完整的，loop区断裂，缺失开始、结尾的结构等。我们想用完整的结构，其实数据库中的模型是不错的选择，只要模型检验各个指标都很好（SAVES检验，以及自带的检验），就可以拿来用。本人亲自试过，还特意向老师请教过。2，我用modeller+easymodeller自己也建立了模型，优化后和数据库中的比较，没有数据库的模型好。由此可知，只要模板序列一致性高，该数据库中的模型还是比较好的。3，在SWSS-MODEL中找到的模型，也可以自己建立。建立的方法很多，“Remodel this Protein”就在上面链接的窗口，大家可以试试。remodel的服务器方法包括：MOdweb，M4T，Swissmodel，I-TASSER，HHpred，Phyre2.大家可以全部打钩。其中最有用的就是I-TASSER了。在这里是穿线法和比较建模法的结合，能够得到Top5的模型，并且能够得到一些模板（有时候我们BLASTP找不到合适的模板，可以试试这个~），最为重要的事，它还预测和底物的结合位点以及方式，全都是PDB格式的可以下载。非常有用，而且这样的方式提交后得到结果并不是很慢。欢迎拍砖
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发表于 2014-2-26 21:50:21
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