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查看: 2018|回复: 8

modeller,Swiss-model,I-TASSER比较

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发表于 2014-2-26 21:50:21 | 显示全部楼层 |阅读模式

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1,如果我们在PDB数据库里面查找一个蛋白时,我们会发现该数据库还提供一个该蛋白质模型的链接,通常是在SWISS-MODEL里面,是自动建模生成的,比如:http://www.proteinmodelportal.org//query/up/O75792/,我们可以看到有两个实验得到的蛋白质模型,两个同源模建的结构,这两个同源模建的结构的模板是序列一致性高达92%的模板建立的。有时候我们得到的实验结构通常是不完整的,loop区断裂,缺失开始、结尾的结构等。我们想用完整的结构,其实数据库中的模型是不错的选择,只要模型检验各个指标都很好(SAVES检验,以及自带的检验),就可以拿来用。本人亲自试过,还特意向老师请教过。2,我用modeller+easymodeller自己也建立了模型,优化后和数据库中的比较,没有数据库的模型好。由此可知,只要模板序列一致性高,该数据库中的模型还是比较好的。3,在SWSS-MODEL中找到的模型,也可以自己建立。建立的方法很多,“Remodel this Protein”就在上面链接的窗口,大家可以试试。remodel的服务器方法包括:MOdweb,M4T,Swissmodel,I-TASSER,HHpred,Phyre2.大家可以全部打钩。其中最有用的就是I-TASSER了。在这里是穿线法和比较建模法的结合,能够得到Top5的模型,并且能够得到一些模板(有时候我们BLASTP找不到合适的模板,可以试试这个~),最为重要的事,它还预测和底物的结合位点以及方式,全都是PDB格式的可以下载。非常有用,而且这样的方式提交后得到结果并不是很慢。欢迎拍砖
 楼主| 发表于 2014-2-26 21:52:16 | 显示全部楼层
为什么发帖还要扣金币啊?
发表于 2014-2-27 08:21:01 | 显示全部楼层
表示在这个论坛,金币貌似没怎么派上用途,每天登陆一下论坛都有两个金币可以领~

                               
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发表于 2014-2-27 08:38:35 | 显示全部楼层
为什么发帖还要扣金币啊?

貌似是你设置了回复赠金币诶~
发表于 2014-2-26 21:52:00 | 显示全部楼层
咳咳,楼主总结的东西对于好多新手来说都比较实用的,感谢分享,不管是知识还是金币

                               
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 楼主| 发表于 2014-3-2 10:53:52 | 显示全部楼层
咳咳,楼主总结的东西对于好多新手来说都比较实用的,感谢分享,不管是知识还是金币 ...

因为我就是新手 哈哈。增金币大家会积极发言

                               
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发表于 2014-3-3 20:16:22 | 显示全部楼层
搞个系统的培训就好了!
发表于 2014-3-2 10:53:00 | 显示全部楼层
非常好!
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