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初学者向高手们请教蛋白相互作用模拟预测

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发表于 2013-5-18 15:41:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 bigdavidzhu 于 2013-5-18 19:09 编辑 小弟是学细胞生物学的,最近老板交给任务,要我对现在研究的两个蛋白之间是否存在相互作用而引起构象改变,从而改变其转录激活结构域,使得靶基因无法激活。这俩个蛋白已经用免疫共沉淀验证存在相互作用,能形成复合物。但是不清楚二者是否会因结合发生构象改变而影响其功能。因此想先计算模拟预测下二者是否存在构象改变,然后用实验验证。小弟对蛋白分子模拟是一张白纸,特来请教各位高手,我应该如何入手,对初学者先学习什么,用什么软件分析!各位有什么好的教程能帮忙小弟一把,非常感谢各位啦!!
发表于 2013-5-18 18:13:49 | 显示全部楼层
构象改变的计算,一种可以采取柔性对接的办法,一种则是采用分子动力学的方法。你可以根据需求自己选择学习。
 楼主| 发表于 2013-5-18 19:12:15 | 显示全部楼层


                               
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,谢谢!正在学习中。。。。。。
 楼主| 发表于 2013-5-19 16:05:01 | 显示全部楼层
灰太狼管理员,我的项目要开展,是不是分如下步骤:1.找到两个蛋白的PBD文件,如果没有,是不是采用同源建模方法,构建蛋白模拟;2.采用柔性分子对接,检测下两个蛋白是否结合,采用分子动力学模拟方法,预测两个蛋白动态构象变化;3.结合相关文献构象和本人实验,预测这种构象改变,是否影响其功能。大概是这样的吗?

                               
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发表于 2013-5-19 16:15:47 | 显示全部楼层
嗯是的,基本流程你是已经明确了:)
 楼主| 发表于 2013-5-19 16:31:06 | 显示全部楼层
好的!目标明确,我就着手一项一项的来完成吧!每个环节上,少不了来论坛请教!非常感谢
发表于 2013-5-19 17:27:02 | 显示全部楼层
最好纯个蛋白,做结晶
 楼主| 发表于 2013-5-21 17:56:06 | 显示全部楼层
灰太狼管理员:我是用集成软件,如Discovery Studio做所有分析好,还是针对每项目标,分别用相关软件:如建模就用建模软件Moddler;分子对接就用autoDock;分子动力学模拟。。。。进行分析好啊!??
发表于 2013-6-5 16:06:12 | 显示全部楼层
嗯是的,基本流程你是已经明确了:)

ZDOCK是刚性对接的方法,现在有什么柔性对接能做蛋白与蛋白的对接么?
发表于 2013-5-19 16:15:00 | 显示全部楼层
灰太狼管理员:我是用集成软件,如Discovery Studio做所有分析好,还是针对每项目标,分别用相关软件:如建 ...

如果你有DS的版权,可以使用DS这样的平台综合软件,如果没有版权,那建议你还是用学术免费的软件!
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