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如何将TXT蛋白质结构信息变成可识别的PDB结构,求...

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发表于 2014-6-13 12:20:20 | 显示全部楼层 |阅读模式

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http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM这个TXT原子坐标文件是文献中提供的,如何将这种类型的TXT文件变成可识别的PDB文件,我根据以上网站对格式进行了修改,保存为PDB格式后在DS打开,可以看见小小一段氨基酸,其他都是非常散的原子,求大神指点,附件的文件中还有哪里的格式不对。求指点。。。。REMARK Written by O version 9.0.7  CRYST1 41.792 40.008 52.07190.00 105.8390.00ORIGXl  1.0000000.0000000.000000  0.00000ORIGX2  0.0000001.0000000.000000  0.00000ORIGX3  0.0000000.0000001.000000  0.00000SCALEl  0.023928 -0.0000010.006784  0.00000SCALE2  0.0000000.024995 -0.000001  0.00000SCALE3  0.0000000.0000000.019961  0.00000ATOM  1N ALA A 1  15.756 6.560 -10.3731.00 30.78   NATOM  2CAALA A 1  16.093 6.323-8.9441.00 29.95   CATOM  3CBALA A 1  15.708 7.535-8.1071.00 30.54   CATOM  4C ALA A 1  15.397 5.066-8.4261.00 29.34   CATOM  5O ALA A 1  14.165 4.991-8.4151.00 29.88   OATOM  6N ALA A 2  16.190 4.079-8.0131.00 28.31   NATOM  7CAALA A 2  15.653 2.839-7.4471.00 26.70   CATOM  8CBALA A 2  16.739 1.776-7.3301.00 27.15   CATOM  9C ALA A 2  15.066 3.147-6.0801.00 25.29   CATOM 10O ALA A 2  15.671 3.887-5.2941.00 25.34   OATOM 11N ALA A 3  13.888 2.584-5.8131.00 23.09   NATOM 12CAALA A 3  13.185 2.797-4.5451.00 21.06   CATOM 13CBALA A 3  11.794 2.144-4.5771.00 21.37   CATOM 14C ALA A 3  13.992 2.272-3.3601.00 19.51   CATOM 15O ALA A 3  14.532 1.151-3.4091.00 21.10   OATOM 16N ILE A 4  14.103 3.097-2.3221.00 16.92   NATOM 17CAILE A 4  14.495 2.610-1.0011.00 15.02   CATOM 18CRILE A 4  14.648 3.775-0.0261.00 14.41   CATOM 19CGl ILE A 4  15.895 4.579-0.4291.00 16.51   CATOM 20CDl ILE A 4  16.154 5.841 0.3971.00 16.77   C

                               
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rc3.rar2014-6-13 12:18 上传
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蛋白质txt文件
发表于 2014-6-14 08:24:51 | 显示全部楼层
[i]是不是这个结构啊,20个原子,4个氨基酸
 楼主| 发表于 2014-6-15 20:38:38 | 显示全部楼层
是不是这个结构啊,20个原子,4个氨基酸

这只是一部分,里面应该是一个蛋白质,,,挺大的,
发表于 2014-6-14 08:24:00 | 显示全部楼层
这只是一部分,里面应该是一个蛋白质,,,挺大的,

似乎你给出的结构就这些信息啊
 楼主| 发表于 2014-6-16 14:39:19 | 显示全部楼层
似乎你给出的结构就这些信息啊

附件中的也是吗???应该不会啊,我直接放出来的只是一部分而已。您在群里面叫什么,我们能Q聊吗?这样效率太低啦。我叫白芷
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