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[其他] 怎样规定CGMD的原子性质

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发表于 2012-11-2 11:01:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

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Hi,我想用简化DNA模型来进行一些模拟,这是我创建的模型, 模型是用matlab编程生成的pdb文件。我下一步想创建top文件,听小瓜前辈的介绍,我可以用MS和PROGRE软件得到top文件。但是当我把pdb文件导入MS后,才发现不知道怎么规定表示简化DNA模型的原子的性质。请问我该怎么办呢?跪求大家指教{:soso_e196:}
QQ截图20121101225511.png
QQ截图20121101225525.png
发表于 2012-11-29 10:25:55 | 显示全部楼层
哇塞  你这matlab  玩的很好呀
发表于 2013-4-6 03:53:07 | 显示全部楼层
你可以参照一些已有的CG力场,尤其是已有的生物分子动力学的力场,对每个残基团进行定义,你可以参照:http://md.chem.rug.nl/cgmartini/images/applications/dna/dna.itp
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