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蛋白原核表达-密码子优化策略

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发表于 2012-11-28 12:39:34 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 浙农林—老张 于 2012-11-28 13:11 编辑 做蛋白原核表达时经常碰到的2个问题是:1、不表达2、包涵体不可溶针对上述情况,除了换载体,宿主细胞,培养基(LB变成TB),增加IPTG浓度等还可以进行密码子优化。需分析下表达的蛋白(如真核多见)同宿主细胞(如E.coli)密码子使用方面是否匹配。如需表达的蛋白中出现稀有密码子,这也会造成不表达等情况出现。解决办法:可分析下蛋白密码子的使用频率。推荐:1 ,下载
[color=]GCUA
(General Codon Usage Analysis). 1.2 的程序,但是google现在很难找到,试了一些都下载不了。   2.在线分析 http://gcua.schoedl.de/seqoverall.html,可以跟目标宿主菌的密码子偏好性相比,找出哪些密码子是稀有的。QQ截图20121128130924.png(25.67 KB, 下载次数: 0)
2012-11-28 13:10 上传
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密码子使用频率分析.ppt2012-11-28 12:49 上传
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 楼主| 发表于 2012-11-28 12:49:45 | 显示全部楼层
再发一个ppt做补充材料。
发表于 2012-11-28 14:58:03 | 显示全部楼层
老张辛苦了,我想请教下实验的方法怎么确定活性位点?
发表于 2012-12-1 15:38:39 | 显示全部楼层
这个网站也可以分析稀有密码子,http://www.jcat.de/,呵呵。不过我认为稀有密码子的优化在改善可溶表达方面效果不是很明显
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