序列相似度与同一家族小，与不同家族反倒大，怎么建模？

shjwu · 发表于 2014-3-7 21:21:19

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别人给我一条蛋白序列，已知它属于某个家族；据提供的人说，该家族目前已知的晶体结构数据只有两条。我在PDB数据库搜索时，也发现与之最相似的序列不在这个家族（相似度也只有30%多），并且没有搜索到该同一家族的序列。这种情况下，我能否强制采用它同一家族的序列作为模板，构建同源模型？还是应当采用其它建模方法，具体采用什么方法？谢谢！

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-3-8 10:09:07

众多软件都可以指定模板序列的，比如modeller

puzhongji · 发表于 2014-3-8 10:56:57

感觉modeller指定模板序列所搜索的库不全，还是blastPDB文库好。

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-3-8 12:25:40

感觉modeller指定模板序列所搜索的库不全，还是blastPDB文库好。

不知道你说的不全指的是不够新还是不够全？modeller提供的是非冗余的PDB数据库，而且经常更新嘞~~哈哈

川大-灰太狼 · 发表于 2014-3-8 10:56:00

你是想问单模版建模还是多模板建模好吧？

zhengwei0407 · 发表于 2014-3-9 02:02:01

不知道你说的不全指的是不够新还是不够全？modeller提供的是非冗余的PDB数据库，而且经常更新嘞~~哈哈 ...

非冗余是什么意思

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