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[药物设计] 一个晶体结构的疑问

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发表于 2014-1-9 11:11:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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2014-1-9 11:05 上传下载附件 (508.71 KB)1
小弟组里面拿到一个晶体结构,但是并不会解析,是别人做的。他给了我mtz和pdb文件,我自己用ccp4i 转化成了ccp4文件,如上图所示。我的配体用stick显示,Cys147是我的蛋白的催化中心,配体醛基和Cys147(虚线相连)从电子密度图中看貌似是有重叠的吧?那这是否说明有可能发生了共价作用呢?但是从距离上看,配体醛基的C和Cys147的S有2.6A的距离,好像又超出了共价键的范围。。非常疑惑,求高手解答。
发表于 2014-1-9 16:24:16 | 显示全部楼层
你可以参考一下其他共价键不可逆抑制剂,如Afatinib,PDB号:4G5J。以下是其Cys的S与C的距离1.8埃。

                               
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2014-1-9 16:24 上传下载附件 (62.53 KB)
发表于 2014-1-9 17:06:17 | 显示全部楼层
本帖最后由 eming 于 2014-1-9 17:15 编辑 这个是解结构的人没有考虑到这个共价键。这个在优化结构(解析的时候)需要添加限制的,否则优化的时候会分开。你可以问他们要优化结构的log文件,一定会有一个提示,这两个原子的最佳距离是1.8或者1.9,而不是现在你得到的2.多的距离。硫原子攻击这个醛基上的C原子是很常见的,建议你们将结构返回解结构的人,让他重做,参考Jligand的教程http://www.ysbl.york.ac.uk/mxstat/JLigand/tutorial_link.html
发表于 2014-1-9 17:51:39 | 显示全部楼层
这个是解结构的人没有考虑到这个共价键。这个在优化结构(解析的时候)需要添加限制的,否则优化的时候会分 ...

哈哈 飞天兄谈得更深刻哈!真可能是没有优化好的缘故。
 楼主| 发表于 2014-1-9 17:06:00 | 显示全部楼层
这个是解结构的人没有考虑到这个共价键。这个在优化结构(解析的时候)需要添加限制的,否则优化的时候会分 ...

嗯多谢飞天兄!他给我的pdb中关于refine的东西确实缺失了一大部分,回头找他研究研究。
 楼主| 发表于 2014-1-10 09:20:54 | 显示全部楼层
你可以参考一下其他共价键不可逆抑制剂,如Afatinib,PDB号:4G5J。以下是其Cys的S与C的距离1.8埃。

好的多谢狼哥
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