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生物背景的人,学习分子模拟需要补充什么知识?

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发表于 2014-2-20 04:16:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我学生物出身,主要做微生物天然产物和生物转化等方面的研究。出于对分子模拟的兴趣和对研究工作的一些设想,一直想学习分子模拟。但我们学校没有人懂这个,找不到人教。目前利用在国外访学的机会,旁听了一门分子模拟的课。因为这门课是选修课,听的人不多,内容也比较杂,介绍不是很深入,并且由于语言等方面的原因,还在似懂非懂之间徘徊。不过好处是老师提供了MOE等软件供练习,自己也在利用空余时间自学gromacs等软件。但是越是学习,越发现自己懂的太少,很多东西都是知其然不知其所以然,即便会软件操作,也纯粹是依葫芦画瓢,自己的理解并不深刻。  所以想问问各位大侠,像我这样学生物出身,要想更好地理解分子模拟,还应该补充哪些物理、化学和数学知识?有没有人介绍一些入门级的关于分子模拟理论(主要是理论,软件操作我可以自己摸索)方面的教材或书籍?
发表于 2014-2-20 08:51:34 | 显示全部楼层
1、可以先看下 飞天兄写的关于《写给哪些不得不做计算的同学》一文。2、论坛里面提供了很多用于学习分子模拟的书籍,建议你善用论坛搜索。比如:《分子模拟-从算法到应用》http://www.bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=311《分子模拟的理论与实践》《计算化学-从理论到模拟》 http://www.bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=430分子模拟是个很大的范畴,关键看你想用来做什么,然后学习的时候就有偏向。比如药物研发是分子模拟的一个重要应用,酶催化也是分子模拟的一个重要应用。但使用到的具体技术就有所区别了!你使用的MOE软件则更偏重于药物设计方向。
 楼主| 发表于 2014-2-20 12:04:02 | 显示全部楼层
谢谢狼兄。我目前主要工作是酶催化,但是我想和药物设计也有一点关系吧,因为我们是做酶催化合成药物分子。
 楼主| 发表于 2014-2-20 13:00:21 | 显示全部楼层
大致看了看你给的链接,里面好多公式。学的那点物理化学和数学知识,全忘了,看来需要恶补,呵呵。但实际应用中,这些公式我们能够接触到吗?毕竟我们是搞应用的,不是搞计算理论的;就像使用microsoft word编写文档,不一定要精通它的程序脚本吧。
发表于 2014-2-20 13:01:03 | 显示全部楼层
谢谢狼兄。我目前主要工作是酶催化,但是我想和药物设计也有一点关系吧,因为我们是做酶催化合成药物分子。 ...

我和你的背景很像,都是做酶催化的,偶也是基于自己的爱好自学的分子模拟,我感觉第一个是要对能在酶催化领域应用的分子模拟技术有个大致的了解,比如分子对接,分子动力学,同源模建还有专门的酶设计软件。通过查阅这些方面的综述,博士论文对这些方法和可能涉及的软件有个基本的认识。随后选择自己认为可以实现自己课题功能的软件进行教程的阅读和实例的练习。掌握了基本的流程之后,弄明白不同参数的具体意义,深入的了解自己所用的软件。这个时候开始看看利用这些软件做的酶催化的论文,比如涉及改造底物活性,底物特异性,热稳定性等等的,了解需要用什么分析手段,结果如何分析。最重要的就是经常在论坛里和大家互动~哈哈,QQ群里也可以找我,我也是做酶催化的~哈哈
发表于 2014-2-21 07:57:24 | 显示全部楼层
大致看了看你给的链接,里面好多公式。学的那点物理化学和数学知识,全忘了,看来需要恶补,呵呵。但实际 ...

1、学习相关的软件操作。2、学习软件的原理,以便于参数的设置。3、把你所学习到的分子模拟方法应用到你的实际试验中。这个才是重点!分子模拟就像试验一样,是验证你的想法和给你更多想法的工具。
 楼主| 发表于 2014-2-20 12:04:00 | 显示全部楼层
我和你的背景很像,都是做酶催化的,偶也是基于自己的爱好自学的分子模拟,我感觉第一个是要对能在酶催化 ...

太崇拜你了,自学都能到这么高的境界,以后还望多多指教。我本来也想自学,以为我们做应用的,会用一些软件就可以了;但听老外上课,才发现有很多深层次的东西都不明白,难以进一步提高。比如同源建模,老外不怎么说建模的操作,而是讲怎样提高建模质量,热衷于挑战低序列相似度蛋白质的同源建模,并手工调整序列提高质量。其中包含了对alignment的原理、对化学分子空间构型等深层次的理解.....,总之,觉得比预想的要难得多。
发表于 2014-2-21 08:53:10 | 显示全部楼层
太崇拜你了,自学都能到这么高的境界,以后还望多多指教。我本来也想自学,以为我们做应用的,会用一些 ...

是的,对我们来说,最基本的是了解软件操作层面的东西,遵循从简单到复杂的过程。序列比对是同源模建质量的最关键因素,模板的合理选择等等也都是很重要的。我觉得兴趣是最关键的的,有了兴趣,你会有进一步去学习的动力,倒不是专门为了去用,而是去了解模拟里有什么好玩的东西~哈哈~多多交流呀
发表于 2017-4-5 18:46:31 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-21 08:53
是的,对我们来说,最基本的是了解软件操作层面的东西,遵循从简单到复杂的过程。序列比对是同源模建质量 ...

你好,我是刚接触分子对接的酶催化方向,可以咨询你一些详细的操作步骤及原理方面的事么?
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