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解读text-PDB

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发表于 2012-12-5 13:40:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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。。。。。HEADER  分子类          公布日期 ID号           
TITLE                              
COMPND  MOL_ID: 每一成分的数目                     COMPND 2 MOLECULE: 分子名                       COMPND 3 CHAIN: 链标示                         COMPND 4 FRAGMENT: 对结构域或是具体部分的详细描述                COMPND 5 SYNONYM: 与分子名同义                       COMPND 6 EC:酶学委员会相关代码                        
SOURCE                                   
KEYWDS                              
EXPDTA  测定结构所用的试验方法                       
AUTHOR                              
REVDAT  修订日期及相关内容                         JRNL  发表坐标集的文献                        
REMARK

DBREF:其他序列库的有关记录例: DBREF3ZV7 A  1 543UNP  P04058 ACES_TORCA  22  564       SEQRES 残基序列 ( pdb用3个字母的缩写代表氨基酸,1个字母代表核酸)        例:SEQRES 1 A543ASP ASP HIS SER GLU LEU LEU VAL ASN THR LYS SER GLY         HET  非标准残基                            例:HET  1PEA1537  16                                                         HETNAM 非标准残基的化学名称                       HETSYN 非标准残基的同义字                       例:HETSYN 1PE PEG400                        FORMUL 非标准残基的化学式                        例:FORMUL 21PE  C10 H22 O6                      HELIX 螺旋                            例:HELIX  1 1 VAL A 40ARG A 445           5       译:该HELIX起始残基为A链第40位的VAL,末端残基为A链第44位的AGR,是右手310螺旋,螺旋长度为5个碱基长SHEET  折叠(片层)                          例:SHEET  1AA 3 LEU A 7THR A100                  
SHEET  2AA 3 GLY A13MET A16 -1OGLY A13 NTHR A10            
译:SHEET AA 共有3条分支链。分支链1是从主链A7位的LEU到主链A10位的THR,0代表此链是首链。分支链2是从主链A13位的GLY到主链A16位的META,后面的-1代表其与它的前导链关系是反式,再后面表示A链13位的GLYA的O与前导链A10位的THR上的N上的H之间形成氢键。TURN 转角SSBOND 二硫键例:SSBOND 1 CYS A 67  CYS A 94         1555 15552.05       LINK  残基间化学键例:LINK   ND2 ASN A59     C1NAG A1544 1555 15551.46       HYDBND 氢键SLTBRG  盐桥(两个原子通过电子之间的相互作用所形成的一种特殊键) CISPEP:顺式结构中的脯氨酸和其他缩氨酸,即顺式残基 例:CISPEP 1 SER A103  PRO A104    0   0.19译:记录序列号为1的CISPEP中,A型链第103位残基SER和A型链第104位残基PRO相互作用形成的键角为0.19度SITE:特性位点 例:SITE 1 AC17 TYR A70TYR A 121GLN A 185PRO A 191      CRYST1晶胞参数        例:CRYST1111.008111.008137.38790.0090.00 120.00 P 31 2 1  6    译:111.008,111.008,137.387为晶胞三条棱长,90.00,90.00,120.00为三条棱之间的夹角,P 31 2 1为空间聚合程度的Hermann-Mauguin符号表示,6是一个单位结构中聚合链的个数ORIGX2 直角-PDB坐标  例:ORIGX1  1.0000000.0000000.000000  0.00000         SCALE2  直角部分结晶学坐标                 例:SCALE1  0.0090080.0052010.000000  0.00000               
ATOM  

标准基团的原子坐标


例:ATOM  1N ASP A 2  -14.61283.49729.2190.50 67.96   N      TER链末端  例:TER  4264  ALA A 536 HETATM 非标准基团的原子坐标                         例:HETATM 4265OH2 1PE A1537  -5.86959.81374.7141.00 59.47   O译:A链1537位残基1PE的O原子X坐标为-5.869Å,Y坐标为59.813Å,Z坐标为74.714Å,空间大小为1.00,温度因素为59.47                   CONECT原子间的连通性有关记录 例:CONECT455 4346                                        MASTER  623  0 19 26 18  0 20  6 4669  1103 42   
END            
发表于 2012-12-5 14:26:21 | 显示全部楼层
小草解读的很详细啊!哈哈~辛苦啦!
发表于 2012-12-5 16:05:47 | 显示全部楼层
终于有童鞋来这里发帖了。感动的眼泪哗哗的~
 楼主| 发表于 2012-12-6 12:39:23 | 显示全部楼层
终于有童鞋来这里发帖了。感动的眼泪哗哗的~


                               
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以后应该会常来逛的
发表于 2012-12-5 16:05:00 | 显示全部楼层
受益匪浅哪,赞一个

                               
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