[其他] LeDock金属酶分子对接教程

楼主| 发表于 2014-7-28 20:30:15 | 显示全部楼层

puzhongji 发表于 2014-7-28 19:28

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金属离子位置优化如何实现呢？

这个可以用VMD处理蛋白，生成NAMD的脚本文件，然后用NAMD优化。蛋白和常见金属离子CHARMM立场是有的，详细可以参见NAMD的教材。至于其它方法，有商业化也有学术软件，譬如CHARMm、GROMACS等

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