[其他] LeDock金属酶分子对接教程

楼主| 发表于 2014-7-28 20:30:15 | 显示全部楼层

puzhongji 发表于 2014-7-28 19:28

登录/注册后可看大图

金属离子位置优化如何实现呢？

这个可以用VMD处理蛋白，生成NAMD的脚本文件，然后用NAMD优化。蛋白和常见金属离子CHARMM立场是有的，详细可以参见NAMD的教材。至于其它方法，有商业化也有学术软件，譬如CHARMm、GROMACS等

回复支持反对

12 / 2 页

GMT+8, 2024-12-26 03:14 , Processed in 0.048941 second(s), 18 queries .

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册