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[Discovery Studio] 如何进行三聚体的蛋白分子对接??

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发表于 2014-7-16 15:10:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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想请教一下,如何进行三聚体的蛋白分子对接??
我有3个蛋白分子,蛋白A(800aa),蛋白B(160aa),蛋白C(180aa)。我算是新手,没啥经验,我想请教三聚体是如何对接呢?我一般用ZDOCK,Hex进行对接。是先对接2个蛋白成新的D蛋白,再用D蛋白与C蛋白对接吗,那么先选哪2个蛋白对接好呢(AB?AC?BC?)?然后哪个蛋白做受体哪个蛋白做配体,有什么讲究吗?还是有什么软件可以直接进行3个蛋白的对接??
谢谢!!

发表于 2014-7-17 22:24:11 | 显示全部楼层

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应该没有软件可以实现同时三蛋白对接。先查查有没有文献做过类似蛋白的对接,看看别人的对接顺序。没有的话,就各种组合来一遍,然后通过打分来确定可能的顺序。但是确实不太好说明清楚。
发表于 2014-7-18 09:13:19 | 显示全部楼层
或许 Rosetta可以实现,它可以实现 多个分子同时对接!可以查阅下这方面的资料,学术免费软件。
 楼主| 发表于 2014-7-19 00:36:17 | 显示全部楼层

我用的是RosettaDock Server,不知道可以吗?
但是,里面也只有Docking2和Symmetric_docking这2种对接,不知道你说的RosettaDock多蛋白同时对接,是用的哪个呢??
或者说,RosettaDock的客户端版可以??
发表于 2014-7-22 09:14:29 | 显示全部楼层
仔细看下rosetta的说明书,下载客户端进行模拟。
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