请教一个初级问题

zxc1984 · 发表于 2014-7-10 13:57:19

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autodock新人，通过边上网搜索教程边摸索，终于做了几个对接实验，但看到网上有人说通过“打分函数”来比较对接的几个分子中哪一个更好，还是不甚明了。在autodock哪里能查到这个参数？又是怎么来进行比较的呢？谢谢赐教！

fanc232 · 发表于 2014-7-28 08:53:00

首先给你解释一下“通过打分函数来比较对接的几个分子中哪一个更好”是什么意思。
简单地说，对接软件包括两个部分。一个部分是搜索算法，负责搜索和产生对接构象（就是小分子和蛋白质相互结合的“姿势”）；另一个部分就是打分函数，负责对每一个对接构象进行打分，打分的依据是小分子和受体之间的作用力。原始的想法，是认为打分函数的分值越好，对应的构象越合理（比如受体-配体作用力很大、配体分子内部原子之间冲突小，等等）。注意，分值评定随对接软件而异，有些是分值类似于配体-受体作用力的加和，分值越高越好；有些软件的分值是衡量配体-受体系统能量，根据能量越低越稳定的原则，所以分值越低越好。具体看软件自己的说明书。
对接软件这两个部分协作，就可以为每一个小分子找到软件认为合理的对接构象，并且给每个对接构象一个分值。你可以在一个小分子的各个对接构象之间比较，为每个小分子找出一个你认为正确的对接构象；然后拿着这些对接构象进行分子间的比较，看几个小分子之间谁更可能结合在靶标上。要注意的是，对接函数的分值到底能否正确反映配体-受体间作用力的强弱，有争议。所以挑选最佳构象的时候，最好别只以分值为依据，也要看看生物实验的文献获取配体-受体结合的信息，综合考量。

fanc232 · 发表于 2014-7-28 09:04:06

综上，你指的是打分函数的分值，那不是个参数，而是个结果。
看打分函数的分值，常见有几种方法：
autodock现在有个可视化工具叫做AutoDockTools（简称ADT）。可以看看教程的结果分析部分，把autodock里相关文件加载到ADT上看，行不行。
另一种方法是仔细查查autodock的教程，看看记录分值的文件名叫什么。windows下用“写字板”打开那个文件，就可以看到每个构象对应的分值。

fanc232 · 发表于 2014-7-28 09:06:15

最后建议，英文教程还是有必要研究研究的，比如官方网站上的tutorial。

zxc1984 · 发表于 2014-8-1 17:02:06

fanc232 发表于 2014-7-28 08:53

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首先给你解释一下“通过打分函数来比较对接的几个分子中哪一个更好”是什么意思。
简单地说，对接软件包括 ...

fanc兄讲得非常详细准确！受益良多！非常感谢！

fanc232 · 发表于 2014-8-1 19:58:02

zxc1984 发表于 2014-8-1 17:02

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fanc兄讲得非常详细准确！受益良多！非常感谢！

客气啥，大家都是共同学习的。我感觉没自己学透，“准确”不敢当。

王金菊 · 发表于 2016-6-3 11:19:37

亲，能教教我吗

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