LeDock版块的缘由

fireflying

LeDock是Lephar Research的一款跨平台分子对接软件。几天前，我在论坛发布过一个帖子，扼要介绍了Windows下图形界面的版本。未曾料到也是令我感到十分惊喜的是，BioMS论坛的管理人员联系了我，他们非常庆幸有这样一款中国人自己开发的分子对接软件。这样的评价令我们团队十分鼓舞。进一步的交流，发现我们在新药研发方面很多看法是一致的，也怀揣着同样的理想。

BioMS邀请我们开通一个子版块，分享我们在药物研发方面的经验，同时为有志开发具有自主知识产权的药物、材料分子设计平台的朋友提供一些借鉴。

BioMS从设立之初，短短的两年时间内就成为在药物开发、分子模拟方面具有一定影响力的论坛。在这样的论坛开通一个子版块，对Lephar Research是莫大的荣幸，同时也是一种激励。本版块的宗旨还是科学交流，我们不会把它变成一个投放广告或者只是简单发布产品的地方。

有两个博客对我影响颇深，也是我经常浏览的。一个是新浪凝夕的博客(http://blog.sina.com.cn/bzq1123)，这位仁兄对国际、国内新药研发市场、动态分析的很透彻。另一个是国外的基于分子片段进行药物设计的博客(http://practicalfragments.blogspot.ch/)，该博客会定期介绍一些基于分子片段进行药物设计的期刊文章以及会议评述等。我的初衷是向这两个博客学习，希望朋友们包括我自己定期给大家介绍一些计算机辅助药物设计方面的新方法、新技术、新思路。

同时也希望本版块为LeDock的用户提供一个交流的地方。欢迎大家试用我们的软件，提出您的宝贵意见。BioMS论坛的注册用户可以申请免费试用LeDock一年。

fireflying

yuankeyang123 发表于 2015-12-2 19:57
大神好，请问试用期可以用这个软件发文章么

可以的。没有任何限制。欢迎大家使用LeDock。

yuankeyang123

大神好，请问试用期可以用这个软件发文章么

墨竹晓风

热烈欢迎。支持国产研发。

大工-阿里巴巴

哈哈~对国人自己开发的软件非常支持！希望以后能多和您学习嘞~哈哈

川大-灰太狼

支持国人开发的分子对接软件，希望能在中国注册知识产权！

fanc232

支持国产！
另外冒昧问一句，对接的算法和打分函数，也是跟别的软件不同的吗？
您看，国外已经有AutoDock4和Vina是免费的；听说DOCK6里面也整合少量挺不错的打分函数，比如pbsa和gbsa等，也可以免费使用。和这些软件相比，这款并非免费国产软件的竞争点，是否可以多介绍一些？
谢谢！

不经意间的呐喊

赞一个，希望能发展的更好

fireflying

fanc232 发表于 2014-6-26 20:18

                               
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支持国产！
另外冒昧问一句，对接的算法和打分函数，也是跟别的软件不同的吗？
您看，国外已经有AutoDock4 ...

谢谢你的支持。

最近打算写篇帖子介绍一下目前比较流行的分子对接软件，不过本人有点懒哈。

LeDock的搜索算法是模拟退火加遗传算法。Scoring function比较独特，此处就不细说了。

分子对接一般包含两个层次的含义：1）结合构象的预测；2）结合自由能预测。就Stucture-based药物设计来说，结合构象错了，接下来的工作是没有意义的。Autodock 4.2好像国内用的很多，其实它构象预测的准确率只有区区40%，但对接一个药物分子耗时半小时到一个小时。Vina来自同一个实验室，准确率达到80%，计算速度却提高了一到两个数量级。商业软件一般准确率更高，LeDock对接的准确率在90%以上，另外商业软件一般界面友好，方便使用。

至于结合自由能的预测，无论是做高通量虚拟筛选还是结构优化，采用对接软件给出的能量值来进行评估都不是好的方法，这是由分子对接软件的搜索算法以及Scoring function的自身的性质/不足决定的。我想真正做过高通量虚拟筛选的朋友会有所体会。

结合自由能的准确预测需要对去溶剂化（desolvation）更好的计算，finite-difference poisson-boltzman equation是比较好的一个选择，但是计算耗时。此外也需要对protein-ligand结合的热力学过程有比较深得理解。这方面，分子对接软件包括整合了PBSA与GBSA的Scoring function也不能有效解决。

仅供参考。谢谢。

fanc232

fireflying 发表于 2014-6-26 22:00

                               
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谢谢你的支持。

最近打算写篇帖子介绍一下目前比较流行的分子对接软件，不过本人有点懒哈。

谢谢您的耐心回复，解释得非常清楚！以后还会向您多请教！

北京-构效

经常看到文献做完分子对接后，再计算MM-PBSA去进一步筛选，不知道这种方法是否真的有效？

fireflying

北京-构效 发表于 2014-6-30 08:39

                               
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经常看到文献做完分子对接后，再计算MM-PBSA去进一步筛选，不知道这种方法是否真的有效？ ...

分子对接之后采用精度更高一点的打分函数应该是不错的选择，当然最好在对接之后进行一下energy minimization.至于MM-PBSA的效果如何，建议读一下国内王任小教授的文章，如

Comparative Assessment of Scoring Functions on an Updated Benchmark: 2. Evaluation Methods and General Results, J Chem Info Model. 2014, 54, 1717.希望对你理解scoring function的性能有所帮助。