关于同源建模PBD蛋白结构问题

jamxin

论坛的各位大神，小弟属于同源建模的新手，现在有遇到很多问题，求高手指点指点。

1、希望进行一个人的P-gp蛋白的建模，现在分析同源性最高的鼠源P-gp，取其做单模板建模，但是分析从PDB下载的结构文件发现，蛋白的结构序列有缺失，但是从DS中读取protein report发现有提供相关的氨基酸序列，问题：在同源建模前要不要在蛋白的原序列补全缺失的氨基酸，以此作为模板？

2、P-gp作为一个蛋白二聚体结构，而查到的人源P-gp序列只有单个结构序列，因此只选取其中一个结构作为模板，现在有个问题是前期的摸索中，使用了常用的在线建模网站SWISS，或者easymodeller，或者直接使用DS进行建模时，做法都是跟着教程。发现以A链为同源模建为模板时，构建的蛋白结构直接从3D图分析就发现一部分NBD区与原模板的重叠性不是很好，而直接以B链为同源模板时，构建的蛋白结构相对来说，与原模板的重叠性相对较好，没有出现构象的太大变化。最后我将A链和B链做的sequence alignment分析，两条链的氨基酸序列很相似，就仅B链相对缺失了5个氨基酸。外国的paper都是以A链建模的多，国内有文章直接使用在线服务器则直接采用B链，问题：有没有高手知道出现这种情况的原因？是不是进行校对后要对序列进行二级结构修改才能同源建模？还是说这种情况要进行动力学优化才能评价模型的准确性。

小弟新手，求高手不惜赐教。