新人求助各位师兄师姐，关于蛋白-蛋白DOCK的问题

ziecoe · 发表于 2014-6-2 20:41:57

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我是一个纯纯的新手，对这个很感兴趣，也想用于自己的实验课题之中。但由于没有人引导，只能自己学习，都是没有章法的瞎搞，无意间看到这个论坛，觉得非常不错，立马就注册了。
我有几个问题，想请大家帮助一下：
1.我想看两个蛋白之间有没有可能会发生作用，能不能通过autodock/Zdock/DS等软件进行模拟？判断这两个蛋白有没有可能相互作用？
2.我的蛋白很多都是未解析晶体结构的，没有现成的PDB文件，我该怎么办？
3.我记得以前有一个学生物信息学的同学跟我说过一个美国大学的网站，你提交你的氨基酸序列，过几天就会发给你他们系统模拟的你蛋白的3D结构，我现在忘了，没有有知道的？

大工大-Chemoinf · 发表于 2014-6-3 00:06:39

1)zdock can perform protein-protein docking
2)homology modelling
3) google search: "homology modelling server". It will give you many servers.

Good Luck!

暗地纯白 · 发表于 2014-6-3 10:02:37

Zdock不错，可以同源模建或者swiss-model可以得到3D的结构。

ziecoe · 发表于 2014-6-3 15:46:03

暗地纯白发表于 2014-6-3 10:02

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Zdock不错，可以同源模建或者swiss-model可以得到3D的结构。

感谢你的回答
我下了 Discovery Studio 2.5 ，也用swiss model预测了蛋白质3D，结构，保存了pdb文件。
载入到这个软件里面，发现ZDOCK是灰色的点不了，能帮助我吗？

单独用ZDOCK怎么做呢？

暗地纯白 · 发表于 2014-6-4 00:45:10

本帖最后由暗地纯白于 2014-6-4 00:46 编辑

输入序列就不就可以了吗？

ziecoe · 发表于 2014-6-5 18:17:03

暗地纯白发表于 2014-6-4 00:45

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输入序列就不就可以了吗？

请教具体方法？

Charleshen · 发表于 2014-6-8 23:37:43

对接的前提是你知道这两个蛋白的确有相互作用，比如用生物的实验方法确定了，如酵母双杂交、免疫共沉淀等等，然后还知道大概的结合位点，这样才能做对接。对接不能告诉你两个蛋白有没有相互作用，只能在相互作用的基础上告诉你如何相互作用的傻孩子

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