对接是个很蛋疼的东西！

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用PDB库里的蛋白复合物验证号称对接准确度最高的全柔性对接软件MVD。结果真令人蛋疼。
我是这么做的，把蛋白复合物里的配基取出来，与另外几十个小分子，构成一个小配基库。然后与蛋白对接。按道理，蛋白质复合物里的这个配基，得分应该最低，对不对。但对接结果是，在这几十个小分子库里，复合物配基的排名既不是最高，也不是最低。什么问题都说明不了。用的还是蛋白复合物原来那个配基的口袋，如果用软件预测的口袋，估计对接结果更杯具。

墨竹晓风

1.全柔性对接需要极丰富的实战经验，明确扭转角范围为多少，以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看，并不能算最好的。建议试试GOLD。
3.口袋的选择需要考虑清楚，并不是说把口袋包含就算好了，这里面讲究很多。
现在流行的十来种对接软件，各自有自己适应的体系。
另，柔性对接靠谱，还要分子动力学作甚？

大工-阿里巴巴

墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:14

                               
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1.全柔性对接需要极丰富的实战经验，明确扭转角范围为多少，以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看，并不能算最 ...

可以点赞不？如果有条件，试试schrodinger的glide也不错~根据我的经验，MVD的对接性能确实不算好的，话说墨墨，GOLD的对接精度如何？

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墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:14

                               
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1.全柔性对接需要极丰富的实战经验，明确扭转角范围为多少，以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看，并不能算最 ...

请问，适合酶与底物对接、诱导物与转录因子、转运蛋白与底物这三类对接的软件各自是什么？谢谢。。

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墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:14

                               
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1.全柔性对接需要极丰富的实战经验，明确扭转角范围为多少，以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看，并不能算最 ...

GOLD软件里好象没有口袋预测功能，只能对接已经知道口袋的蛋白。

墨竹晓风

历史的留言 发表于 2014-5-30 15:20

                               
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GOLD软件里好象没有口袋预测功能，只能对接已经知道口袋的蛋白。

已知配体-受体晶体结构的情况下，选择对接口袋都是一项技术活。预测的就更加不准确的。先熟悉蛋白吧，看该蛋白晶体解析时候的文章，以及后续的报道。看哪些残基重要。

墨竹晓风

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-30 08:59

                               
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可以点赞不？如果有条件，试试schrodinger的glide也不错~根据我的经验，MVD的对接性能确实不算好的，话说 ...

GOLD我个人感觉非常好。

川大-灰太狼

1、软件只是工具，用得好不好在于人！就像有人毛笔字可以写得刚劲有力，有人却是“龙飞凤舞”。所有的设计不在软件，而在一念之间。

2、MVD其实并不是最优秀的，广告都是自己给自己贴金。在某一方面比别人好那么丁点就可以夸大其词。

3、建议：好好学习药物设计的相关知识，用经验指导你的对接，而不是用对接指导你的设计。思想是无边际的，软件是有限的计算。