分子对接

jacker · 发表于 2014-4-30 20:54:21

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刚刚看分子模拟相关的东西，我现在的情况不知道能不能用autodock试一试？
目前分离到一株细菌，能够将一种有毒物质脱毒，该物质的结构和脱毒产物的结构都已经清楚了，就在其分子结构上的一个羟基转化为酮基，根据类似的反应可能为脱氢反应，克隆这个起作用的基因花了很长时间都没有进展，所以现在想用分子模拟的方法做，用这个物质与该菌基因组中所有的脱氢酶对接，会不会筛到基因？

望专业人士解答，谢谢！

shjwu · 发表于 2014-5-3 05:13:38

不用这么复杂吧，细菌的基因组也不大，大不了建个库，也不是很大的工作量。再说，知道了反应类型，就可以大致推断酶的种类，多设计一些引物去钓呗。你用模拟做了一圈，也可能仅仅推断出是属于哪一种类型的酶，到最后还是要去设计引物PCR。而且模拟的结果也不一定就完全可信吧。

jacker · 发表于 2014-5-4 14:31:30

shjwu 发表于 2014-5-3 05:13

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不用这么复杂吧，细菌的基因组也不大，大不了建个库，也不是很大的工作量。再说，知道了反应类型，就可以大 ...

库我已经建了，用功能筛了一遍，没用PCR，就是筛不到，而且我已经做了全基因组测序了，还是找不到基因，也不到如何下手，根据这个反应，推测是脱氢酶在起作用，在我的全基因组中预测有150多个脱氢酶，所以我想着用底物与这150个脱氢酶对接一下，不知道这样可不可以？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-5-4 15:04:20

jacker 发表于 2014-5-4 14:31

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库我已经建了，用功能筛了一遍，没用PCR，就是筛不到，而且我已经做了全基因组测序了，还是找不到基因， ...

对接在这样的情况下感觉作用不会太大诶~建库后功能筛选确实应该是首先尝试的步骤，如果功能筛不出来，序列又比较新的话，可能也不好P,我想估计也只能再建库时调整插入片段的大小试试了~

jacker · 发表于 2014-5-4 20:27:02

大工-阿里巴巴发表于 2014-5-4 15:04

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对接在这样的情况下感觉作用不会太大诶~建库后功能筛选确实应该是首先尝试的步骤，如果功能筛不出来，序 ...

库已经建的很大了，120kb的插入片段，覆盖30对倍，就是不行，打算重新筛一遍库，顺便做做分子对接试试，实验熬人啊

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-5-4 22:21:49

jacker 发表于 2014-5-4 20:27

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库已经建的很大了，120kb的插入片段，覆盖30对倍，就是不行，打算重新筛一遍库，顺便做做分子对接试试， ...

我在想基因组注释的话，很有可能有些新颖性强的蛋白注释不出来，所以筛选可能的结合蛋白估计也不是太容易，但是可以尝试一下。另外，转录组和蛋白组有条件的话也是可以考虑的

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