autodock分子对接结果分析的问题

puzhongji

1.autodock分析的结果和pymol分析的结果，不一致，特别是氢键键长和键角，差距特别大，该取那个结果为准？
2.pymol如何分析范德华接触，做出电子密度图，就.xplor文件？
3.同源建模的金属酶，结果没有金属离子，怎么把金属离子加上去呢？

puzhongji

4.在pymol里，小分子如何像蛋白那样，align，求出全原子RMSD？

puzhongji

5.molecular surface and solvent-accessible surface areas用什么软件或网页计算？

大工-阿里巴巴

第3个问题：用easymodeller建模就可以包含金属离子啦

川大-灰太狼

puzhongji 发表于 2014-4-27 20:31

                               
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4.在pymol里，小分子如何像蛋白那样，align，求出全原子RMSD？

小分子的叠合需要单独的pymol脚本进行，这个可以google下就能找到。

川大-灰太狼

puzhongji 发表于 2014-4-27 21:13

                               
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5.molecular surface and solvent-accessible surface areas用什么软件或网页计算？

这样的问题我记得群里讨论过好多次了，不知道你只关注自己的提的问题是吗：）
很多软件都可以计算，比如 sybyl， DS等都可以。还有一些免费的小软件，google下吧，你会得到很多。
总结下，除了第1、2个问题，剩下的你都可以google得到答案。

川大-灰太狼

1、这也是在群里讨论过多次的问题了。所有的可视化软件都只是一个数据的展示，至于氢键键长等都是可以自己设置的。哪个结果都不为准，关键是你对体系氢键的理解。你最好先看看氢键的一些文章，然后就明白了。

2、pymol不能计算对接出来的电子密度图，电子密度数据来源于x-ray的实验，在pdb.org网站下载的时候是可以下载的，那是别人结晶后实验做出来的结果。