autodock vina

Arthur · 发表于 2014-4-5 16:54:23

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请教一下，如何将AUTODOCK VINA结果的配体与受体合并成一个PDB文件呢?
谢谢

天心弥 · 发表于 2014-4-6 08:29:05

Analyze>>>conformations>>>play
在play界面中再进入set play option 面板中有write complex可以做到将小分子和蛋白输出为pdbq,pdbqt格式,在一般的视图软中可以转化为pdb

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-4-6 09:56:48

我的做法一般是直接把得到的构象用记事本打开，然后黏贴到原始的PDBQT文件里，哈哈，后续的步骤就和天心弥一样了

栗子 · 发表于 2014-10-19 17:35:21

大工-阿里巴巴发表于 2014-4-6 09:56
我的做法一般是直接把得到的构象用记事本打开，然后黏贴到原始的PDBQT文件里，哈哈，后续的步骤就和天心弥 ...

请问一下，那Autodock 不是vina对接完选取评分高的构象也能这么整合到一个pdb吗

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