分子对接可以指定某几个原子的坐标吗？

呵呵Sun · 发表于 2014-3-26 20:54:25

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情况是这样的，我需要对接一个12肽，目前有文献报道了N端的六个肽的结合构象，我想保留这六肽的构象只对接C端的另外六个残基。从结构上来说，C端是伸入蛋白口袋内侧的，N端是口袋外侧方向，我将N端六肽的可旋转单键固定，但对接时这个多肽根本进入不了口袋。因此我想能不能对接时给定N端六肽的坐标来对接剩下的残基？如果autodock不行，其它软件有没有如此操作的可能？
或者我想，把N端六肽当做底物的一部分，只对接剩下的六肽，但它们之间的共价键我不知道如何处理，有操作的可能性吗？
希望各位大神不吝赐教，或者给我提供一种思路也好，谢谢了！

呵呵Sun · 发表于 2014-3-26 23:23:07

自己顶，着急啊！

呵呵Sun · 发表于 2014-3-27 11:07:19

各位吧主给点建议吧！

墨竹晓风 · 发表于 2014-3-27 11:20:07

看了三遍，没有看懂。。。

呵呵Sun · 发表于 2014-3-27 12:44:46

墨竹晓风发表于 2014-3-27 11:20

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看了三遍，没有看懂。。。

额。。我觉得我说的挺清楚的了，我再简单叙述一下吧。我要对接一个12肽，N1-12C。目前我已经确定了1-6残基的构象以及它们在口袋中的位置了，只要再确定7-12就可以了。因此我想在对接时让1-6找到自己的位置并且固定不动，只对接7-12残基，不知道这样说能不能讲明白。

墨竹晓风 · 发表于 2014-3-27 18:10:58

呵呵Sun 发表于 2014-3-27 12:44

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额。。我觉得我说的挺清楚的了，我再简单叙述一下吧。我要对接一个12肽，N1-12C。目前我已经确定了1-6残 ...

哦，明白了。我所知的分子对接做不了这个。分子动力学可以通过frozen指定原子来实现，但是具体操作起来应该也比较麻烦。

呵呵Sun · 发表于 2014-3-27 19:07:07

墨竹晓风发表于 2014-3-27 18:10

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哦，明白了。我所知的分子对接做不了这个。分子动力学可以通过frozen指定原子来实现，但是具体操作起来应 ...

我做动力学比较多，但如果没有一个比较合适的构象直接跑动力学的话，很难跨越构象间的能垒吧。我听说薛定谔可以做我需要的这个，打算试一试。如果我有问题就直接站内信可以吧。

天理-小新 · 发表于 2014-3-27 20:05:13

你把那个12肽切割成两部分，前六个结合模式已经知道了就不用管了，把它们的旋转键设置为固定的不动的，就像是受体的一部分一样刚性处理, 然后设置后面六个肽链的旋转键就完了

Ryan · 发表于 2014-3-31 13:29:34

如果是想将N端6肽作为受体一部分，用薛定谔的话，可以尝试一下它的共价对接

leos · 发表于 2014-4-4 21:37:04

可以做限制性的对接的~~

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