ehits对接问题

开心果 · 发表于 2014-3-20 20:11:50

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ehits对接时总遇到问题我发现自己同源模建出来的蛋白结构对接就有问题或者是数据库中的晶体蛋白结构但是没有相应的配体结构通过文献阅读找到相应的活性残基作为活性口袋部位也会出现问题没有结果
是不是ehits只能对接哪些数据库中已有的晶体复合物并以其中的配体为中心的呀附件中有我近期做的受体、配体、及活性口袋文件希望有对ehits有了解的大侠帮指导一下究竟哪里出现错误了

一醉解清风 · 发表于 2015-4-1 17:41:46

有没有ehit安装包？求一份，邮箱：736433621@qq.com

fireflying · 发表于 2015-4-5 03:13:18

ehits没接触过。手痒用LeDock对接了一下。这个糖分子可旋转键太多。糖分子的羧基要预先去质子化。跟蛋白形成的氢键太多，一团糟。将就看看吧。本想给你传个对接好的文件，奈何上传速度太慢。LeDock只要把结合口袋设置好就行，我用的口袋参数如下。因为可旋转键太多，可以多生成几个pose，譬如40个。
RMSD
1.0

Binding pocket
55 77.5
33.25 58
40.5 63

Number of binding poses
20

END

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