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[AutoDock&Vina] Autodock做三者对接的问题

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发表于 2014-3-18 15:27:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请问一下,Autodock可以做三者对接吗?想看在药物分子A存在与否的条件下,B与C的结合情况,如何将A、B、C三者对接在一起看三者之间的相互作用?
发表于 2014-3-19 09:32:47 | 显示全部楼层
方法:挨个对接进去。
难点:确定第一个分子的构型及与蛋白的结合模式,确定第二个分子与第一个分子和蛋白的结合模式,确定第三个分子与第一和二个分子及蛋白的结合模式。
 楼主| 发表于 2014-3-19 10:29:37 | 显示全部楼层

多谢狼哥!
发表于 2014-10-28 21:31:16 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-3-19 09:32
方法:挨个对接进去。
难点:确定第一个分子的构型及与蛋白的结合模式,确定第二个分子与第一个分子和蛋白 ...

求助,怎么挨个对接进去啊,第三个分子是当配体还是受体进去呢
发表于 2014-10-28 23:11:22 | 显示全部楼层
autoliu 发表于 2014-10-28 21:31
求助,怎么挨个对接进去啊,第三个分子是当配体还是受体进去呢

把第一个分子和蛋白当作一个整体的受体,把第二分子对接进去。依次类推!
发表于 2014-10-29 09:54:02 | 显示全部楼层
就是在一个格子里把所有东西都放进去,出来什么就是什么
发表于 2014-10-29 15:40:19 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-10-28 23:11
把第一个分子和蛋白当作一个整体的受体,把第二分子对接进去。依次类推! ...

哦,谢谢,将第一个分子和蛋白做一个整体用write complex保存还是write current保存呢
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