autodock4.2对接准备gpf文件时出现错误

开心果 · 发表于 2014-3-8 10:48:03

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大家好我在准备.gpf文件在最后save gpf时出现错误刚接触这个软件不太清楚这个是出现什么错误了谢谢热心人了哦！

川大-灰太狼 · 发表于 2014-3-9 02:04:56

这种错误不好说，我估计是你前面都没有准备好，记住小分子和大分子都要赋予AD原子类型，然后才能保存。

开心果 · 发表于 2014-3-9 12:55:10

谢谢哦  你所说的AD原子类型是grid-directly中设置的吗？我用的是autodock4  所以我在grid-directly中把所需的22个原子类型都填上去了呀    我准备受体是File-Read Molecule----Edit-Hydrogens-Add-Polar Only----Edit-Atoms-Assign AD4 type-----Edit-Charges-Add Kollman Charges----Color-by atom type----File-Save-Write  PDBQT
准备配体  Ligand-input-open----torsion tree-Choose root---torsion tree-Detect root----Output --save as PDBQT
准备gpf文件Grid-Mcromolecular -open-NO
            Grid-Set Map Types-Directly(把22个原子类型都添上了 -Accept)
            Grid-Set Map Types-open ligand
            Grid-Grid Box(设置盒子等)
            Grid-Output-Save GPF
这个就是我大体的流程了结果就显示了上面的错误！

川大-灰太狼 · 发表于 2014-3-9 19:03:43

开心果发表于 2014-3-9 12:55

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谢谢哦你所说的AD原子类型是grid-directly中设置的吗？我用的是autodock4 所以我在grid-directly中把所 ...

不是哈！是在Edit 里面的 Atoms， AD4 type 。

开心果 · 发表于 2014-3-10 08:38:34

o 好的谢谢哦我试一下

老坛泡菜 · 发表于 2014-4-11 09:17:46

遇到相同的问题，请问解决了吗？

开心果 · 发表于 2014-4-23 14:50:49

老坛泡菜发表于 2014-4-11 09:17

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遇到相同的问题，请问解决了吗？

o 不好意思好久没有上论坛了解决了就是我们要处理文件要放到英文目录下要不然好像autodock 对路径有要求就不能生成GPF文件

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[AutoDock&Vina] autodock4.2对接准备gpf文件时出现错误

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