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同一蛋白质,怎样模建出对它进行单分子拉伸之后的结构?

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发表于 2014-2-28 23:14:22 | 显示全部楼层 |阅读模式

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已知一个蛋白质的PDB,实验上用原子力显微镜AFM对它进行了拉伸,现在想用GROMACS模拟这个过程,但是没有拉伸之后的那个结构PDB,我该怎么模建出这个拉伸之后的结构呢?
 楼主| 发表于 2014-2-28 23:15:07 | 显示全部楼层
或者怎样能得到这个结构呢
发表于 2014-3-1 16:02:17 | 显示全部楼层
这个想法挺有意思的,模拟上应该是给蛋白施加一个力,同时固定蛋白质的部分区域,利用SMD去做这样的模拟。拉伸之后的结构应该是你的模拟目的,而不是模拟之前就存在的
 楼主| 发表于 2014-3-1 20:10:36 | 显示全部楼层

Steered Molecular Dynamics?其实是这样,这个拉伸是个实验文章,我们是看了这文章之后想通过模拟进一步了解这个酶,而且想用structure-based model,所以我才想先找到这个结构。
发表于 2014-3-1 20:32:11 | 显示全部楼层
肉多求和谐 发表于 2014-3-1 20:10
Steered Molecular Dynamics?其实是这样,这个拉伸是个实验文章,我们是看了这文章之后想通过模拟进一步 ...

通过实验拉伸得到的蛋白结构是没法进行X-射线颜色结晶的呀~所以这个结构肯定是不会有被解析出来的3D结构的啊
 楼主| 发表于 2014-3-1 21:41:05 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-1 20:32
通过实验拉伸得到的蛋白结构是没法进行X-射线颜色结晶的呀~所以这个结构肯定是不会有被解析出来的3D结构 ...

那我如果要strucuture-based找结构去模拟,我应该去找些什么样的结构呢
发表于 2014-3-2 01:01:51 | 显示全部楼层
肉多求和谐 发表于 2014-3-1 21:41
那我如果要strucuture-based找结构去模拟,我应该去找些什么样的结构呢

什么结构都可以的呀~这样吧,你有时间在群里找我,我叫阿里巴巴~哈哈
 楼主| 发表于 2014-3-2 09:00:13 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-2 01:01
什么结构都可以的呀~这样吧,你有时间在群里找我,我叫阿里巴巴~哈哈

好的 万分感谢
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