Autodock 默认的原子类型及力场添加操作

钟海洋

zhouling1019 发表于 2016-1-1 18:33
您好，我想请教一下，我的配体有金原子，我也是按照帖子那麽说的做的，怎麽就不行啊！方面的话，我想加一 ...

请问在具有金属离子的情况下能够正常保存成pdbqt格式吗？我的情况是有的pdb保存成功了，有的却失败了，提示说没有他的力场元素，你有遇到这种情况吗？

哭过笑过01

请问，在规定原子类型的时候，autodock中没用具体表明供体原子吗？ 就像上面HD # Donor 1 H-bond Hydrogen  他是指该H原子是氢键中的氢，但是能否知道连接该氢原子的供体原子是哪个吗？？     真的非常着急，希望能得到帮助！！！！