Hex Protein Docking初学者几个问题

暗地纯白

跪求大侠指点Hex Protein Docking对接的时候，位点的选择？
比如我想对接的时候配体、受体位点分别为234、3，因此在定位的时候按这样的定位进行对接[img]file:///C:\Users\h\Documents\Tencent Files\371683148\Image\$}Z1]J)V0QEZ7T{]AXWBV[8.jpg[/img]，但是对接后的结果位置不对，请问为什么？我该怎么设定我的对接位点，才能让对接的结果是配体-234，受体-3？谢谢

紫苏子

Charleshen 发表于 2014-3-1 22:09
大分子对接还不是很成熟，考虑蛋白质核酸相互作用时，静电相互作用肯定是不能忽略的，但是蛋白质蛋白质相 ...

你好，想和你请教一些关于蛋白质和核酸的对接问题?想问一下你的核酸模型构建用的是什么软件啊?对接软件是怎么选择的?谢谢~

Luoyanling

您好，我在Hex中使用Orientation Control调节Origin时，设置之后分子中心并没有改变。请问知道为什么吗？

大工-阿里巴巴

人为的移到差不多的地方，把配体和受体的旋转角度调下来试试

暗地纯白

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-20 22:44

                               
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人为的移到差不多的地方，把配体和受体的旋转角度调下来试试

谢谢阿里师兄

Charleshen

我用hex6.3对接了DNA和蛋白质，当然设置的形状和静电互补。如果做蛋白质-蛋白质可以没有静电互补。还做了ZDOCK的比较，发现二者就DNA-蛋白质对接来说，hex6.3更加接近真实的模型。
首先你可以参考一下一本叫做《蛋白质结构模拟与设计》的书，论坛里面就有，如果你要我这里也有，里面有个Hex对接的中文说明；
其次，只看那个我感觉还不够，你的自己摸索，实验几次，你就可以很熟悉了。
最后的最后，给大家参考一个网站，http://zlab.umassmed.edu/zlab/protein.shtml，对于大分子对接有很多软件和方法，可以参考

暗地纯白

Charleshen 发表于 2014-2-26 21:23

                               
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我用hex6.3对接了DNA和蛋白质，当然设置的形状和静电互补。如果做蛋白质-蛋白质可以没有静电互补。还做了ZD ...

你说蛋白-蛋白没有静电互补，意思是只要形状互补就行？是手动操作呢还是直接有像Zdock那样可以设定它的结合位点，我做的时候是直接手动选择，感觉这样结果不怎么可靠。
我也做了Zdock，可是这个结构的模型跟真实的真的有差别，我做了一个Tm-score，分值比hex的好点，但是如你所说的，hex的结果更接近，但是就是不知道该怎么去评价这个模型。
你说的那个《蛋白质结构模拟与设计》里有HEX，请问是第五章吗？蛋白质结果模拟在研究中的应用实例？

Charleshen

暗地纯白 发表于 2014-3-1 00:45

                               
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你说蛋白-蛋白没有静电互补，意思是只要形状互补就行？是手动操作呢还是直接有像Zdock那样可以设定它的结 ...

大分子对接还不是很成熟，考虑蛋白质核酸相互作用时，静电相互作用肯定是不能忽略的，但是蛋白质蛋白质相互作用也要看情况，一般是形状互补就可以的，加上静电影响也很小；
对比Hex和ZDOCK，我做的实验是将一个复合物晶体拿来拆开，然后分别用两种软件对接，看效果。Hex对接设手动置好中心，手动调好受体-配体距离，设置相互作用残基，ZDOCK只设置相互作用残基，最后在Top5中分析结果，hex结果和晶体复合物的RMSD更小；

暗地纯白

Charleshen 发表于 2014-3-1 22:09

                               
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大分子对接还不是很成熟，考虑蛋白质核酸相互作用时，静电相互作用肯定是不能忽略的，但是蛋白质蛋白质相 ...

我的也是将一个复合物晶体结构拆开之后再对接看结果，但是hex我没有中心坐标，只有结合位点坐标，输入结合位点坐标对接出来的结果图形差异很大；但是不输入坐标，就直接手动调节结合位点对齐之后对接，图形相像较大。但是Zdock做出来的结果图形比手动hex对接的图形差的多，但是评分的话Zdock较好，就是不知道该如何向你说的那样选择hex对接的配体受体的中心。

暗地纯白

Charleshen 发表于 2014-3-1 22:09

                               
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大分子对接还不是很成熟，考虑蛋白质核酸相互作用时，静电相互作用肯定是不能忽略的，但是蛋白质蛋白质相 ...

可以给你的QQ号码吗，想对话联系你下，有些问题想请教你。谢谢

暗地纯白

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-20 22:44

                               
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人为的移到差不多的地方，把配体和受体的旋转角度调下来试试

阿里师兄，请问在Hex对接的时候，你说人为的移动到差不多的地方，这里所谓的人为移动，我个人觉得是不是得到的结果不太可信（比如说你移动的距离跟我移动的距离会不会有误差），请问这如何解释？
后来我又用Zdock进行蛋白对接（Zdock进行对接的蛋白是从A里面分离出来的抗原抗体，记为A1、A2），得到了10个复合物（1、2、3……），我将这几个复合物用DS打开，另存为另外的10个复合物记为（01、02……）但是在用Tm-score对上述两种复合物进行打分（将复合物与同一个模板记为A）。得到的结果：DS另存之前，Tm-score的值不一样，分别为0.9803 、0.9754 、0.9645……但是DS另存之后的结果却是0.9714 、0.9714 、0.9714 ……这样完全一样的值，请问这是为什么？

大工-阿里巴巴

人为移动不会导致结果不太可信
而是在你事先知道你想对接的大体位置的时候
把配体蛋白和受体蛋白放到一个相对合理的位置，减少搜索空间
比如你的移动距离和我的移动距离不一样，是不要紧的
只要大致区域一致，通过对接参数的调整，是可以得到类似的结果的
DS我木有用过
不太清楚具体的打分方式