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Hex Protein Docking初学者几个问题

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发表于 2014-2-20 10:09:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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跪求大侠指点Hex Protein Docking对接的时候,位点的选择?
比如我想对接的时候配体、受体位点分别为234、3,因此在定位的时候按这样的定位进行对接[img]file:///C:\Users\h\Documents\Tencent Files\371683148\Image\$}Z1]J)V0QEZ7T{]AXWBV[8.jpg[/img],但是对接后的结果位置不对,请问为什么?我该怎么设定我的对接位点,才能让对接的结果是配体-234,受体-3?谢谢

QQ图片20140220100727.jpg
发表于 2015-6-16 17:39:29 | 显示全部楼层
Charleshen 发表于 2014-3-1 22:09
大分子对接还不是很成熟,考虑蛋白质核酸相互作用时,静电相互作用肯定是不能忽略的,但是蛋白质蛋白质相 ...

你好,想和你请教一些关于蛋白质和核酸的对接问题?想问一下你的核酸模型构建用的是什么软件啊?对接软件是怎么选择的?谢谢~
发表于 2015-7-9 20:39:47 | 显示全部楼层
您好,我在Hex中使用Orientation Control调节Origin时,设置之后分子中心并没有改变。请问知道为什么吗?
发表于 2014-2-20 22:44:16 | 显示全部楼层
人为的移到差不多的地方,把配体和受体的旋转角度调下来试试
 楼主| 发表于 2014-2-21 09:42:39 | 显示全部楼层
发表于 2014-2-26 21:23:40 | 显示全部楼层
我用hex6.3对接了DNA和蛋白质,当然设置的形状和静电互补。如果做蛋白质-蛋白质可以没有静电互补。还做了ZDOCK的比较,发现二者就DNA-蛋白质对接来说,hex6.3更加接近真实的模型。
首先你可以参考一下一本叫做《蛋白质结构模拟与设计》的书,论坛里面就有,如果你要我这里也有,里面有个Hex对接的中文说明;
其次,只看那个我感觉还不够,你的自己摸索,实验几次,你就可以很熟悉了。
最后的最后,给大家参考一个网站,http://zlab.umassmed.edu/zlab/protein.shtml,对于大分子对接有很多软件和方法,可以参考
 楼主| 发表于 2014-3-1 00:45:35 | 显示全部楼层
Charleshen 发表于 2014-2-26 21:23
我用hex6.3对接了DNA和蛋白质,当然设置的形状和静电互补。如果做蛋白质-蛋白质可以没有静电互补。还做了ZD ...

你说蛋白-蛋白没有静电互补,意思是只要形状互补就行?是手动操作呢还是直接有像Zdock那样可以设定它的结合位点,我做的时候是直接手动选择,感觉这样结果不怎么可靠。
我也做了Zdock,可是这个结构的模型跟真实的真的有差别,我做了一个Tm-score,分值比hex的好点,但是如你所说的,hex的结果更接近,但是就是不知道该怎么去评价这个模型。
你说的那个《蛋白质结构模拟与设计》里有HEX,请问是第五章吗?蛋白质结果模拟在研究中的应用实例?
发表于 2014-3-1 22:09:22 | 显示全部楼层
暗地纯白 发表于 2014-3-1 00:45
你说蛋白-蛋白没有静电互补,意思是只要形状互补就行?是手动操作呢还是直接有像Zdock那样可以设定它的结 ...

大分子对接还不是很成熟,考虑蛋白质核酸相互作用时,静电相互作用肯定是不能忽略的,但是蛋白质蛋白质相互作用也要看情况,一般是形状互补就可以的,加上静电影响也很小;
对比Hex和ZDOCK,我做的实验是将一个复合物晶体拿来拆开,然后分别用两种软件对接,看效果。Hex对接设手动置好中心,手动调好受体-配体距离,设置相互作用残基,ZDOCK只设置相互作用残基,最后在Top5中分析结果,hex结果和晶体复合物的RMSD更小;
 楼主| 发表于 2014-3-2 14:58:20 | 显示全部楼层
Charleshen 发表于 2014-3-1 22:09
大分子对接还不是很成熟,考虑蛋白质核酸相互作用时,静电相互作用肯定是不能忽略的,但是蛋白质蛋白质相 ...

我的也是将一个复合物晶体结构拆开之后再对接看结果,但是hex我没有中心坐标,只有结合位点坐标,输入结合位点坐标对接出来的结果图形差异很大;但是不输入坐标,就直接手动调节结合位点对齐之后对接,图形相像较大。但是Zdock做出来的结果图形比手动hex对接的图形差的多,但是评分的话Zdock较好,就是不知道该如何向你说的那样选择hex对接的配体受体的中心。
 楼主| 发表于 2014-3-3 10:25:14 | 显示全部楼层
Charleshen 发表于 2014-3-1 22:09
大分子对接还不是很成熟,考虑蛋白质核酸相互作用时,静电相互作用肯定是不能忽略的,但是蛋白质蛋白质相 ...

可以给你的QQ号码吗,想对话联系你下,有些问题想请教你。谢谢
 楼主| 发表于 2014-3-5 09:58:58 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-20 22:44
人为的移到差不多的地方,把配体和受体的旋转角度调下来试试

阿里师兄,请问在Hex对接的时候,你说人为的移动到差不多的地方,这里所谓的人为移动,我个人觉得是不是得到的结果不太可信(比如说你移动的距离跟我移动的距离会不会有误差),请问这如何解释?
后来我又用Zdock进行蛋白对接(Zdock进行对接的蛋白是从A里面分离出来的抗原抗体,记为A1、A2),得到了10个复合物(1、2、3……),我将这几个复合物用DS打开,另存为另外的10个复合物记为(01、02……)但是在用Tm-score对上述两种复合物进行打分(将复合物与同一个模板记为A)。得到的结果:DS另存之前,Tm-score的值不一样,分别为0.9803 、0.9754 、0.9645……但是DS另存之后的结果却是0.9714 、0.9714 、0.9714 ……这样完全一样的值,请问这是为什么?
发表于 2014-3-5 10:07:38 | 显示全部楼层
人为移动不会导致结果不太可信
而是在你事先知道你想对接的大体位置的时候
把配体蛋白和受体蛋白放到一个相对合理的位置,减少搜索空间
比如你的移动距离和我的移动距离不一样,是不要紧的
只要大致区域一致,通过对接参数的调整,是可以得到类似的结果的
DS我木有用过
不太清楚具体的打分方式
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