多聚体金属蛋白质氨基酸残基点突变模拟

蓝房子

  各位大神，我刚接触结构模拟这块儿，目前课题要做一个酶的模拟，主要是看两个位点的点突变对酶的影响，需要做一个饱和突变。但是由于这个酶是个同源四聚体，而且每个亚基中有两个锌离子，其中要研究的一个突变为点就在一个锌离子附近的位置，而另一个处在亚基间相互作用的位置。已经有实验数据表明这两个位点比较关键，现在想用模拟的方法补充数据解释一下，发个小文章毕业。我遇到的问题是：
  1. 我同源建模结构的时候，怎么处理锌离子，是建模的时候就考虑呢还是说建模之后再进行对接
  2. 对于锌离子附近的点突变位点，我应该怎么来处理，以观察不同的氨基酸残基替换对结构或者功能的影响
  3. 由于这个酶是同源四聚体，它必须是四聚体时才有活性。我在进行底物对接或者考虑突变对整体结构的影响时，是不是必须要       蛋白质复合物才行
  4. 求大神推荐软件,谈一谈这个问题一般的研究方法啊...==

zzzlll

1.模建之后的坐标应该和模版的差不多，直接把离子放进就可以了。
2.最好是做对比，要不然不好解释
3. 复合物
4.模建之后跑分子动力学吧gromacs or amber

蓝房子

zzzlll 发表于 2014-1-23 14:08

                               
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1.模建之后的坐标应该和模版的差不多，直接把离子放进就可以了。
2.最好是做对比，要不然不好解释
3. 复合 ...

谢谢回复，麻烦您了。那建模的时候怎么建同源四聚体的结构呢，我的模板蛋白的晶体结构是同源四聚体的结构。另外，最对比是说...？

蓝房子

zzzlll 发表于 2014-1-23 14:08

                               
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1.模建之后的坐标应该和模版的差不多，直接把离子放进就可以了。
2.最好是做对比，要不然不好解释
3. 复合 ...

谢谢回复，麻烦您了。那建模的时候怎么建同源四聚体的结构呢，我的模板蛋白的晶体结构是同源四聚体的结构。另外，最对比是说...？

zzzlll

对比就是氨基酸残基替代前后的结构对比
如果模板也是四聚体就方便了，要不就是蛋白蛋白对接的问题，比较麻烦

蓝房子

zzzlll 发表于 2014-2-11 11:36

                               
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对比就是氨基酸残基替代前后的结构对比
如果模板也是四聚体就方便了，要不就是蛋白蛋白对接的问题，比较麻 ...

嗯，四聚体建模我直接用DS上的Modeller建的，每条链中间加个break the chain。 结构对比就是说构建的突变体之间的相关区域的结构？ 需要进行什么优化么，我感觉build the mutant之后其实就是相关残基不同，其余都差不多的样子。