关于PyRx运行autodock

sunnyboyluan

使用PyRx使用autodock后显示以下错误
Error parsing C:\Users\Yepeng\.mgltools\PyRx\Macromolecules\2ou2_1\zinc_8442276_model2\2ou2_1_zinc_8442276_model2.dlgPlease open that dlg file with a text editor and look for error messages or any other message that would give a clue as to what's wrong with the dlg.
The following is the Exception:
Docking instance has no attribute 'ligMol'
运行autogrid已经成功了，不知道为何无法运行autodock
哪位高手帮帮忙

浪模拟

请问一下你关于docking instance has no attribute 'ligmol'的问题解决了吗？

墨竹晓风

小分子的原子类型不支持

sunnyboyluan

墨竹晓风 发表于 2014-1-12 12:02

                               
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小分子的原子类型不支持

您好 我的化合物里面有C, O, N, S 这四种原子 哪一个原子不支持？S吗？

不经意间的呐喊

我也遇到过同样的问题，从zinc数据库下载几千个分子去筛选。如果是原子类型不能被识别的话，应该用什么转化为pdbqt呢？

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2014-1-13 19:25

                               
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我也遇到过同样的问题，从zinc数据库下载几千个分子去筛选。如果是原子类型不能被识别的话，应该用什么转化 ...

建议大家下载zinc分子库的时候 尽量下载 mol2格式的，而不是sdf格式，这样pdbat转换的时候基本不会出错。

墨竹晓风

sunnyboyluan 发表于 2014-1-13 10:51

                               
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您好 我的化合物里面有C, O, N, S 这四种原子 哪一个原子不支持？S吗？

这几个原子都支持的。检查原子类型是否正确。或者如5#狼哥所说

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2014-1-14 09:34

                               
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建议大家下载zinc分子库的时候 尽量下载 mol2格式的，而不是sdf格式，这样pdbat转换的时候基本不会出错。 ...

狼哥，我下载的就是mol2格式的，然后用raccoon转化为pdbqt。   PYRX走autodock对接的时候总是会出现docking instance has no attribute“ligmol”。。有什么其中我没注意的地方吗？用vina的话不会出错。

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2014-1-14 10:56

                               
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狼哥，我下载的就是mol2格式的，然后用raccoon转化为pdbqt。   PYRX走autodock对接的时候总是会出现docki ...

为什么要用caccon转换为pdbqt呢，pyrx不能用mol2？

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2014-1-14 11:03

                               
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为什么要用caccon转换为pdbqt呢，pyrx不能用mol2？

能的。但是筛选1000个分子的话，都手动去在pyrx去点的话不方便吧。。能够集体转化吗
？

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2014-1-14 11:06

                               
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能的。但是筛选1000个分子的话，都手动去在pyrx去点的话不方便吧。。能够集体转化吗
？ ...

那你先试试 sdf的格式呢：）pyrx可以直接用的。