vina对接问题

开心果

大家好   我对接后提示Parse error on line 2 in file "liu.pdbqt": Unknow or inappropriate tag  然后我看了一下我的受体文件第二行没有发现什么错误呀 哪位高手知道这是什么原因啊   谢谢{:soso_e100:}
  

川大-灰太狼

我没有怎么用过vina，不过建议你可以使用Pyrx来做vina和autodock对接，更简单！

川大-灰太狼

你光发一个蛋白的pdbqt上来有什么用呢？配体都没有，你这是要做什么呢？？疑惑ing

开心果

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:37

                               
登录/注册后可看大图

我没有怎么用过vina，不过建议你可以使用Pyrx来做vina和autodock对接，更简单！ ...

  谢谢哦  我就是做一下对接总是遇到这类问题可能是受体的结构处理的不对 可是我一般不太会处理结构 每次都是有autodock4   File--Read Molecule读入输入受体的pdb文件然后再Edit下依次的Hydrogens--Add--Polar only;  Atoms---Assign AD4 type;  Charges---Add Kollman Charges  .再Color---by Atom Type  最后保存为pdbqt的格式作为vina的输入文件  今天做对接的时候又遇到了这样的问题
Parse error on line 603 in file "2LFM.pdbqt": Unknown or inappropriate tag  然后我老师给我重新处理了一下就可以了 我看了 用写字板看的发现处理后文件中多了一个原子是第68号原子是精氨酸上的氢原子  但是我不知道老师是怎么处理的 老师最近忙顾不上我  所以请教高手您

开心果

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:37

                               
登录/注册后可看大图

我没有怎么用过vina，不过建议你可以使用Pyrx来做vina和autodock对接，更简单！ ...

哦 忘了我把受体和配体文件给您看一下啊   谢谢您热心帮忙{:soso_e100:}

川大-灰太狼

经实践，发现这个问题是pdb文件存在格式上的问题，可以使用pymol等其他软件导入蛋白结构文件后，重新保存为pdb格式即可解决！
参考：http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=12&t=817