小分子中有盐酸，在做分子对接时要把盐酸放进去么？

Angelina婷 · 发表于 2014-1-11 11:04:41

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在用该分子进行分子对接时，盐酸小分子可以放到对接里面么？如果不放在里面，会不会不能说明问题呢？

川大-灰太狼 · 发表于 2014-1-11 12:31:26

这样的分子有盐酸，其实是为了溶解吸收，盐酸盐在水溶液中自然就离解为了原化合物和盐酸。

因此你在对接的时候就不要考虑盐酸了。

Angelina婷 · 发表于 2014-1-11 12:59:53

川大-灰太狼发表于 2014-1-11 12:31

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这样的分子有盐酸，其实是为了溶解吸收，盐酸盐在水溶液中自然就离解为了原化合物和盐酸。

因此你在对接的 ...

哦，好的，那我还有一个问题，如果在结构式中盐酸外的其他部分是两个一样的分子，在对接的时候是用这两个分子中的其中一个分子对接，还是两个呢？

blue_cat · 发表于 2014-1-11 14:57:32

Angelina婷发表于 2014-1-11 12:59

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哦，好的，那我还有一个问题，如果在结构式中盐酸外的其他部分是两个一样的分子，在对接的时候是用这两个 ...

用其中一个就可以，另外，不清楚你的研究目的，是单纯是做着联系呢还是真正的课题在做，因为这个化合物存在酯键，口服进入体内，发挥作用的化合物可能不是你结构中的分子。

Angelina婷 · 发表于 2014-1-11 17:26:54

blue_cat 发表于 2014-1-11 14:57

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用其中一个就可以，另外，不清楚你的研究目的，是单纯是做着联系呢还是真正的课题在做，因为这个化合物存 ...

哦，这样啊，受教了。我就是想试验一下。谢谢你喽。

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