如何在PDB里找一个单纯的DNA分子？

Angelina婷 · 发表于 2014-1-2 11:11:13

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求助：之前在PDB里下了一个DNA分子，应用到ADT里才发现怎么有一个Mg 原子，怎么才能在PDB里下一个单纯的DNA分子呢？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-1-2 11:38:15

需要一些特定的处理软件，比如PyMOL,如果还是觉得不方便的话，可以用文本格式打开，把HETATM里面的其它原子给删掉，只保留DNA本身，另存为一个单独的PDB即可

Angelina婷 · 发表于 2014-1-2 11:40:45

大工-阿里巴巴发表于 2014-1-2 11:38

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需要一些特定的处理软件，比如PyMOL,如果还是觉得不方便的话，可以用文本格式打开，把HETATM里面的其它原子 ...

原来可以删掉其他的部分啊，好的，我试试，谢谢阿里大大。呵呵{:soso_e100:}

Angelina婷 · 发表于 2014-1-2 13:28:54

大工-阿里巴巴发表于 2014-1-2 11:38

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需要一些特定的处理软件，比如PyMOL,如果还是觉得不方便的话，可以用文本格式打开，把HETATM里面的其它原子 ...

在PDB文件中，怎么把Mg2+删除呢？因为ATOM前面的东西太多，我又不懂，不会到该删哪些，还是全都删掉啊？

临江仙 · 发表于 2014-1-4 20:54:47

Angelina婷发表于 2014-1-2 13:28

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在PDB文件中，怎么把Mg2+删除呢？因为ATOM前面的东西太多，我又不懂，不会到该删哪些，还是全都删掉啊？ ...

建议新手使用软件删除配体或者游离水分子，如adt、chimera或yasara view

zzzlll · 发表于 2014-1-6 14:42:50

用文本文件打开pdb文件，找到有mg的那一行全部删掉，另存即可

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[药物设计] 如何在PDB里找一个单纯的DNA分子？