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[AutoDock&Vina] 打开dlg格式文件是出错?

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发表于 2013-12-26 23:54:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

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求教大侠些,小弟我在生成dlg格式文件之后,接着分析时,打开dlg格式文件是出错,错误如下:
Traceback (most recent call last):
  File "G:\biology software\mgltools\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "G:\biology software\mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "G:\biology software\mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'


   请问是怎么回事?
发表于 2013-12-27 11:52:18 | 显示全部楼层
先用文本编辑器打开的你dlg文件,看看文件最后是不是运行成功了,如果是运行成功了。应该是你分析的时候有载入文件的顺序有问题,请先载入dlg文件,然后载入打分子pdbqt文件。请最好按照标准操作做分析。
发表于 2013-12-27 11:29:54 | 显示全部楼层
先打开受体大分子,然后再打开dlg文件。但win下的MGLTools,真不好回答哪里有问题。能用linux的系统的,特别是以后要一直从事这个研究方向的,建议大家尽早开始使用linux系统。
 楼主| 发表于 2013-12-27 14:21:18 | 显示全部楼层

打开dlg文件之后,发现运行不成功,提示错误如下
FATAL ERROR: C:/Users/h/Desktop/93N2/autodock4.exe: I'm sorry; I can't find or open "st.maps.fld"
请问是我的"st.maps.fld"文件出了什么问题吗?
发表于 2013-12-27 18:02:57 | 显示全部楼层
暗地纯白 发表于 2013-12-27 14:21
打开dlg文件之后,发现运行不成功,提示错误如下
FATAL ERROR: C:/Users/h/Desktop/93N2/autodock4.exe: ...

你没有加路径。。。。。。
 楼主| 发表于 2013-12-28 01:45:48 | 显示全部楼层
未央尊 发表于 2013-12-27 18:02
你没有加路径。。。。。。

你所谓的加路径是在生成的dpf格式上添加路径吗?要是这一步的话,我单独添加了的。
如果不是这一步,望大侠不吝指点,给我说个详细一点的步骤。谢谢
发表于 2013-12-30 11:27:19 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-12-27 11:29
先打开受体大分子,然后再打开dlg文件。但win下的MGLTools,真不好回答哪里有问题。能用linux的系统的,特 ...

大大,为什么linux系统下就比较好分析哪里出错啊?win下软件的安装和使用有时候是挺奇怪的。
同一个ADT软件,linux下计算的结果和win下计算的结果有什么不同?
发表于 2013-12-30 16:24:14 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2013-12-30 11:27
大大,为什么linux系统下就比较好分析哪里出错啊?win下软件的安装和使用有时候是挺奇怪的。
同一个ADT软 ...

因为Linux的错误提示很准确,会在终端文本的告诉哪里出错了。但是windows不会有这样的提示,要么不运行,要么弹出来 内存出错! 哈哈 你自己比较吧。
 楼主| 发表于 2014-1-1 10:36:04 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-12-30 16:24
因为Linux的错误提示很准确,会在终端文本的告诉哪里出错了。但是windows不会有这样的提示,要么不运行, ...

在分析结果的时候
ADT菜单:Analyze → Conformations → Load … 将对接结果及分子构象载入到图形窗口中,在弹出话框中单击列表中的相应分子构象编号后,上部可以显示分子构象的对接数据。但是双击,却不能将该分子构象载入到分子显示窗口中,并且提示错误如下
ValueError: <AutoDockTools.Conformation.Conformation instance at 0x183f494c> is not in list
请问这是怎么回事?
发表于 2014-3-6 00:15:28 | 显示全部楼层
和楼主问题一样,bantu终端./autodock4: I'm sorry; I can't find or open "ACHE_rigrid.HD.map"
./autodock4: FATAL ERROR: ./autodock4: I'm sorry; I can't find or open "ACHE_rigrid.HD.map"

./autodock4: Unsuccessful Completion.

求各位求大大求帮忙
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