vina docking后配体结构发生扭曲，内部成键问题

开心果

以前没有遇到过此类问题   ，而且我对接时盒子选的很大50x5050了，因为选的小对接结果根本就无法用 ，我用20x20x20对接时竟然结果打分20多，现在用50的盒子结果还可用-7左右，但是问题是我有好多类似的底物，由于盒子覆盖面比较大 这些配体竟然对接到了蛋白受体的不同区域 ，有点困惑了！

北京-构效

盒子选的大了，也就是包括的残基多了，配体有可能和更多不同的残基作用，作用到不同的区域是很正常的，即使盒子比较小，配体都有可能和不同的残基作用

北京-构效

20x20x20  盒子好像已经很大了啊   你确定是盒子的问题？

开心果

北京-构效 发表于 2013-12-26 18:31

                               
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盒子选的大了，也就是包括的残基多了，配体有可能和更多不同的残基作用，作用到不同的区域是很正常的，即使 ...

谢谢您的回答哦   嗯 是的盒子大包括的残基多作用到不同的区域比较正常   但是就是觉得那这样的话这些配体就没有可以比较的意义了  我的配体是四个氨基酸残基形成的4肽其中三个氨基酸是保守的只有N末端的氨基酸是由20个氨基酸互相替换的  正是由于这样配体结构我个人原来感觉会差不多在同一个区域作用的  谁知结果这样！

开心果

北京-构效 发表于 2013-12-26 18:32

                               
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20x20x20  盒子好像已经很大了啊   你确定是盒子的问题？

应该是盒子的问题吧 我用的conf.txt文件中没有exhaustiveness,cpu,energy-range没有写，应该是默认的8，自动检测有16个CPU，energy-range应该是默认的3，（是的cpu有点多 exhaustiveness的值可以在大点）然后20的时候结果就是20多  之前我在cpu较少的机器上计算（其他两项还是默认值）得到的结果是-2点多 还是没有50的时候好  都是用vina做的且受体 配体都是一样的中心都是以蛋白中心为中心的  结果就是差距这么大 我都有些蒙了

天理-小新

vina的计算结果一般重复性比autodock较高的，盒子的大小包围你的活性位点中心就可以了，不要设置太大，比如50， 也不要设置太，还要设置好活性位点中心，不能太离谱了。当然最重要的是检查下对接的构象，是不是在活性位，有无形成关键相互作用，这些都很重要。不能仅仅比较一个结合能，结合能离开了构象几乎说明不了问题。

天理-小新

还要设置好盒子的中心，不能太离谱了

开心果

天理-小新 发表于 2013-12-27 12:03

                               
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还要设置好盒子的中心，不能太离谱了

嗯 好的 我多多考虑  周到点